01_二代有参转录组测序-初级分析.pptxVIP

有参考基因组RNASeq—初级数据分析;;测序原理;转录组测序(测序文库准备);转录组基本分析流程;--以双端测序为例;;;--fastx-toolkit;;转录组基本分析流程;;;;;;;;;;;比对到基因组;;;;;$perl/opt/bin/ea-utils.1.1.2-537/gtf2bed.plGTFGTF.bed

$geneBody_coverage.py-rGTF.bed-iaccepted_hits.bam-osample;;;;转录组基本分析流程;;转录组基本分析流程;;表达量的计算（Normalization）;MA图;;;FoldChange： 样品（组）之间表达量之比（例如处理组/对照组）

P-value： 通过统计学检验两个对象存在差异是由随机误差造成的

可能性（选择合适的统计学模型-泊松分布、负二项 式分布）

FDR： 通过统计学检验，在大量重复实验中，小概率事件发生

的可能性（Bonferroni、BenjaminiHochberg）;火山图;;转录组基本分析流程;所谓聚类，就是按照不同的特征把对象分成不同类别。

层次化聚类（Hierarchical）

划分式聚类（Partitional）

基于密度和网格（Density,Grid）

其他(Other)

右图中间的部分，首先通过不同的颜色深浅表示不同样品各自基因的表达量，所谓热图（HeatMap）。

然后通过表达量，对基因和样品，分别进行聚类。;;;;;转录组基本分析流程;;;转录组基本分析流程;;;专利技术