Nanopore测序技术在...体发现与鉴定中的建立和应用_薛智丰.pdfVIP

分类号：R392

单位代码：10719

学号：1917104002

密级：

延安大学

论文题目：Nanopore测序技术在呼吸道病原体

发现与鉴定中的建立和应用

论文作者：薛智丰

指导教师、职称：岳昌武教授

联培导师、职称：雷迎峰副教授

学科、专业名称：基础医学、免疫学

提交论文日期：二〇二二年六月

创新性声明

本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究

成果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢中所罗列的内容以外，论文中不

包含其他人已经发表或撰写过的研究成果；也不包含为获得延安大学或其它教育

机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡

献均已在论文中做了明确的说明并表示谢意。

申请学位论文与资料若有不实之处，本人承担一切相关责任。

本人签名：日期：

关于论文使用授权的说明

本人完全了解延安大学有关保留和使用学位论文的规定，即：研究生在校攻读

学位期间论文工作的知识产权单位属延安大学。本人保证毕业离校后，发表论文或

使用论文工作成果时署名单位仍然为延安大学。学校有权保留送交论文的复印件，

允许查阅和借阅论文；学校可以公布论文的全部或部分内容，可以允许采用影印、

缩印或其它复制手段保存论文。（保密的论文在解密后遵守此规定）

本人签名：日期：

导师签名：日期：

Nanopore测序技术在呼吸道病原体

发现与鉴定中的建立和应用

免疫学专业研究生薛智丰指导老师岳昌武教授雷迎峰副教授

摘要：新发传染病(Emerginginfectiousdiseases，EID)和再发传染病

（reemerginginfectiousdiseases，REID）在全球范围内呈上升流行趋势，其中急性呼

吸道传染性疾病严重危害人类健康，是重要的社会公共卫生问题之一。对病原体进

行快速精准发现和鉴定是有效控制传染病疫情的关键，目前宏基因组测序是发现病

原体的最有效手段。牛津纳米孔测序技术（Oxfordnanoporesequencing,ONT）是一

种利用电信号来进行测序的新一代技术，具有超长读长、仪器便携、实时分析等优

点，在病原体的变异分析与鉴定方面已经显示出巨大潜力。测序数据的质量和数据

分析的便捷性决定了新技术的应用前景。咽拭子是呼吸道病原体检测的常见标本，

往往含有一定量的正常微生物，这些微生物基因为测序数据带来了高背景，干扰了

病原体的检测。因此，如何排除背景干扰、高效获得致病微生物的测序数据是宏基

因组测序技术数据分析的重要挑战。此外，宏基因组测序数据的生物信息学分析大

都依赖于Linux系统，对操作者的要求较高，限制了其广泛应用，迫切需要研发便

捷的可视化分析技术平台。

本研究通过自然语言处理技术（NLP）从Genbank中筛选了人类相关的病原体

的基因序列数据库，并建立了可视化数据分析平台—Genostack。Genostack实现了

后台数据的本地化，具有“零基础”操作的优势，既减少了数据比对时间，又降低

传统的数据分析难度。同时，我们通过纳米孔测序技术初步分析了正常人咽拭子中

微生物本底基因，从而可以更有效的分析临床咽拭子样本中的潜在病原体。最后，

我们利用纳米孔测序技术结合Illumina测序技术从患者咽拭子样本中发现和鉴定了

人冠状病毒229e（HCoV-229E），成功拼接出全基因组并初步分析了该病毒株的变

异特征，为国内监测HCoV