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waters qi软件使用资料.pdf

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    ProgenesisQI

    UserGuide

    Analysisworkflowguidelines

    ProgenesisQIUserGuide

    Contents

    Introduction3

    Howtousethisdocument3

    Datausedinthisuserguide3

    Workflowapproachtodataanalysis4

    RestoringorstartinganewMetabolomicsTutorial5

    Stage1:DataimportandQCreviewofdataset7

    Stage2A:AutomaticProcessingofyourdata8

    Stage2B:AfterAutomaticProcessing12

    Stage3:Licensing14

    Stage4:ReviewAlignment15

    Stage5:ExperimentDesignSetupforAnalysedRuns22

    Stage6A:PeakPicking25

    Stage6B:ReviewingNormalisation28

    Stage7:ReviewDeconvolution30

    Stage8:IdentifyCompounds38

    IdentificationofcompoundsusingthesearchmethodProgenesisMetaScope39

    IncorporatingTheoreticalFragmentation41

    Creatingandusingdatabases44

    AdditionalIdentificationMethods49

    Stage9:ReviewCompounds61

    CompoundsseparatedbyDriftTime67

    ExportingCompoundDatatoPathwaysTool(s)69

    Stage10:CompoundStatistics72

    Appendix1a:Stage1DataImportandQCreviewofdataset80

    Appendix1b:Stage1DataImportfromUNIFI(WatersOnly)85

    Appendix2:Stage2Processingwarningsandfailures88

    Appendix3:Licensingruns(Stage3)91

    Appendix4:ChangingexpectedadductsatPeakPicking92

    Appendix5:ManualassistanceofAlignment94

    Appendix6:Within-subjectDesign99

    Appendix7:UsingLipidBlastforCompoundIdentification101

    Appendix8:SearchesusingtheMetabolicProfilingCCSLibrary103

    Appendix9:Editinganadducttoaddamissingisotope105

    Appendix10:ExportingcompoundidentitiestoIPA110

    Appendix11:PowerAnalysis113

    Appendix12:UsingClipGallerytoSaveandExportPicturesandData114

    Appendix16:WatersMachineSpecificationsandapprox.timings116

    ProgenesisQIUserGuide

    Introduction

    Thisuserguidetakesyouthroughacompleteanalysisof22LC-MSrunsofmetabolitecontaining

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