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蛋白质序列模式发现算法的任务书
一、任务背景
蛋白质是生命体中非常重要的一种生物分子，承担着许多生物学功能。蛋白质的结构和功能受到其氨基酸序列的编码，因此研究蛋白质序列的重要性不言而喻。
蛋白质序列模式发现算法可以在蛋白质序列中发现共同出现的模式，并用于预测蛋白质的结构和功能。该算法可应用于基础生物学研究、药物研发等领域。
二、任务描述
本次任务旨在设计蛋白质序列模式发现算法，实现以下任务：
1.设计和实现蛋白质序列模式发现算法；
2.在给定数据集上测试算法的性能和准确率；
3.对算法的优化进行探索和研究；
4.提供代码和文档。
三、数据集
本次任务中使用的蛋白质序列数据集大小为1000，数据集的格式为FASTA格式。您需要读取该数据集并进行操作。
四、评估指标
本次任务的评估指标主要包括准确率、召回率和F1-score等。
五、参考
1.?ak?r,M.,Allmer,J.(2010).Automateddiscoveryoftissue-targetingenhancersandcancer-associatedgenesusingmatrixREDUCE.RNABiology,Vol.7,No.3,pp.353-361.
2.Geertz,M.,Shore,D.,andMaerkl,S.J.(2012).MassivelyParallelMeasurementsofMolecularInteractionKineticsonaChip.ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,Vol.109,No.41,pp.16540-16545.
3.Packer,M.J.(2009).Asummaryofthe2008CriticalAssessmentofTechniquesforProteinStructurePrediction.Proteins,Vol.77,No.S9,pp.1-6.
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