浅谈分子动力学模拟(教学ppt).pptxVIP

浅谈分子动力学模拟

作者：罗万力

专业：道路与铁道工程

指导老师：孔令云

1

内容

2023/12/18

2

MD模拟的发展历程

分子动力学模拟方法

MD模拟参数及注意事项

实例展示

MD模拟的发展历程

2023/12/18

3

经典力学

经典力学的基本定律是牛

运定律或与牛定律有关且等价的其他力学原理，它是20世纪以前的力学。

2023/12/18

4

两个基本假定

2023/12/18

5

假定和空是绝对的，长度和时间间隔的测量与观测者的运动无关，物质间相互作用的传递是瞬时到达的。

一切可观测的物理量在原则上可以

无限精确地加以测定。

根据经典力学的基本假定可以看出经典力学有何局限性

？

量子力学

2023/12/18

6

量子力学理论形成于20世纪初期，

彻底改变了人们对物质组成成分的认识。微观世界里，粒子是不断跳跃的概率云，它们不只存在一个位置，也不会从点A

通过一条单一路径到达点B。

统计力学（统计物理学）是研究原子、分子集合的宏观运动规律的科学，根据对物质微观结构及微观粒子相互作用的认识，用概率统计的方法，对由大量粒子组成的宏观物体的物理性质及 宏观规律作出微观解释的理论物理学分支。

2023/12/18

7

统计力学

什么分子动力学模拟？

2023/12/18

8

分子动力学模拟（moleculardynamics）是近年来飞速发展的一种分子模拟方法，它以经

典力学、量子力学、统计力学为基础，利用计算

机数值求解分子体系经典力学运动方程的方法得到体系的相轨迹，并统计体系的结构特征与性质。

分子动力学简史

2023/12/18

9

1957年：基于刚球势的分子動力学法（AlderandWainwright）

1964年：利用Lennard-Jone势函数法对液态氩性质的模拟（Rahman）1971年：模拟具有分子团簇行为的水的性质（RahmanandStillinger）

1977年：约束动力学方法（Rychaert,CiccottiBerendsen;vanGunsteren）1980年：恒压条件下的动力学方法（Andersen法、Parrinello-Rahman法）1983年：非平衡态动力学方法（GillanandDixon）

1984年:恒温条件下的动力学方法(Berendsenetal.)1984年：恒温条件下的动力学方法（Nosé-Hoover法）1985年：第一原理分子動力学法（→Car-Parrinello法）

1991年：巨正则系综的分子动力学方法（CaginandPettit）

分子动力学模拟方法

2023/12/18

10

分子动力学方法特征：

2023/12/18

11

分子动力学是在原子、分子水平上求解多体问题的重要的计算

机模拟方法，可以预测纳米尺度上的材料动力学特性。

通过求解所有粒子的运动方程，分子动力学方法可以用于模拟

与原子运动路径相关的基本过程。

在分子动力学中，粒子的运动行为是通过经典的Newton运动

方程所描述。

分子动力学方法是确定性方法，一旦初始构型和速度确定了，

分子随时间所产生的运动轨迹也就确定了。

MD的理论依据是什么？

每个粒子的运动都取决于牛顿定律

（F=ma）

2023/12/18

12

分子动力学方法基本原理：

初始条件：

2023/12/18

13

分子动力学----牛顿运动方程式的数值解法

1.解析法（牛顿第二定律）

由于分子体系相互作用非常复杂，难以用解析法求解分子体系运动方程，通常只能采用差分法求解分子体系运动方程的近似解。

2023/12/18

14

2.有限差分法

Verlet算法

优点：

1、精确，坐标精度误差四阶O(Δ4)

2、每次积分只计算一次力

3、时间可逆

2023/12/18

15

缺点：

1、速度有较大误差O(Δ2)

2、轨迹与速度无关，无法与热浴耦联

分子动力学----牛顿运动方程式的数值解法

蛙跳算法

♠.首先利用当前时刻的加速度，计算半个时间步长后的速度：

♠.计算下一步长时刻的位置：

分子动力学----牛顿运动方程式的数值解法

2023/12/18

16

♠.计算当前时刻的速度：

V

2023/12/18

17

v

a0

r

v

r

分子动力学----牛顿运动方程式的数值解法

优点：

1、提高精确度

2、轨迹与速度有关，可与热浴耦联

缺点：

1、速度近似

2、比Verlet算子多花时间

2023/12/18

18

分子动力学----牛顿运动方程式的数值解法

MD模拟参数及注意事项

2023/12/18

19

分子动力学模拟参数及注意事项

2023/12/18

20

周期性边界条件

势函数

系综

积分步长的选取

注意事项

含义：只模拟实际物质中很小一部分，