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在人类口腔中发现的微生物被称为口腔微生态,又称口腔微生物区系或口腔微生物组。口腔
微生态是一个极其复杂的生态系统,口腔的固有结构为定植于口腔的微生物提供了适宜的环
境。这些微生物在口腔内的不同部位共栖、拮抗和相互影响,达到动态的平衡。
在多种因素的作用下微生态发生失衡时,它们又通过直接的转移定植、进入血液系统和激活
全身炎症反应等方式与机体间形成相互作用,从而影响机体健康。因此,了解口腔微生物多
样性及其在疾病或干扰条件下的改变就变得至关重要。宏观基因组学和二代测序相关分析技
术等检测手段的进步为口腔微生态的组成研究和微生物信息收集提供了更多方法。检索到的
信息可用于开发基于微生物组的生物标记物,以及口腔疾病和相关全身疾病的早期诊断。
此外,口腔微生物组学因其诊断和治疗潜力也逐渐在临床医学多学科中得到越来越广泛的应
用。因此,本文从口腔微生态系的概况以及口腔微生态系在疾病诊断和治疗中的作用展开综
述,以期为口腔微生态系在口腔疾病诊断和治疗领域中的应用提供参考。
1.口腔微生态系
1.1口腔微生态的构成
口腔的解剖结构非常复杂,其内的生态环境也随之呈现多样化,如牙齿、舌、龈沟、黏膜、
软硬腭和扁桃体等,构成一个个相对独立的小环境,又由于唾液的存在,使得小环境间彼此
沟通和影响。唾液的酸碱度、氧含量、温度及氧化还原电位等物理化学特性,决定了口腔微
生态系的形成。人类口腔中的微生物群丰富程度仅次于胃肠道,包括细菌、真菌、支原体、
原生动物和病毒等,其中细菌占据主要地位。
最近更新的人类口腔微生物组数据库(expandedhumanoralmicrobiomedatabase,eHOMD)
中包含约772个口腔原核物种的信息以及482个分类群的全基因组序列。这些微生物或以
菌斑生物膜的形式附着于口腔结构的表面,或以浮游生物的形式存在于唾液中。
口腔微生态的稳定对人体健康有利,其复杂的构成可以抵御外来病菌的刺激、阻止定植,从
而保护机体的健康。但这种防御能力有限,一些超负荷的物理化学因素、细菌因素、宿主因
素改变等都会不同程度地破坏微生态平衡。口腔微生态的失衡可导致口腔疾病和全身性疾病
的发生,而疾病刺激又将加剧口腔微生态的失衡,形成一个恶性的正反馈。
1.2口腔微生态失衡与疾病的关系
口腔微生态失衡是全身多系统疾病的危险因素之一,目前认为口腔微生态失衡主要通过病原
菌的迁移定植、菌血症、激发机体的炎症反应和自身免疫等方式影响全身健康状态。此外,
一些系统性疾病可对口腔微生态产生影响,如糖尿病患者血糖不稳定将负性影响牙周组织状
态,使其更容易受到细菌侵袭,癌症放化疗后使用大量抗生素或肾上腺皮质激素、器官移植
术后长期使用大量免疫抑制剂和非甾体类抗炎药均可对口腔微生物群产生影响。这些发现有
助于加深对口腔微生物群与系统疾病之间关系的理解,也有助于未来改进疾病的诊断和早期
干预。
在过去的几十年中,分离菌落培养一直是口腔微生物学研究和临床实践的基础。近年来,培
养技术本身有了很大改进,包括改进灭菌方法和设计专门的培养基等,同时,荧光显微镜的
应用使得细菌的特定共聚可被直接观察到。
除了微生物培养和显微镜观察外,近年来口腔微生物学最大的进步可能是独立于培养“组学”
技术的发展,这种技术可研究整个微生物群落的DNA、RNA、蛋白质及代谢物,而不需要培
养。目前最常用的高通量测序是对16S核糖体RNA(16SribosomalRNA,16SrRNA)基因
的聚合酶链反应扩增片段进行分析。16SrRNA是原核生物的核糖体中30S亚基的组成部分,
存在于所有细菌中,其可变区可反映细菌种属之间的差异,因此在对扩增后的可变区特定片
段进行高通量测序可以获得菌群相关信息。
但这种方法很难准确鉴定到属以下的分类等级,也无法深入探究物种的功能信息,而单细胞
测序技术则解决了这个问题。单细胞测序技术是指在单细胞水平上,通过全基因组或转录组
扩增,对核酸分子进行高通量测序的技术。该技术能够揭示单个细胞的基因结构和基因表达
水平,反映细胞间的异质性,细化并深化对微生物群落的认识。
除此之外还有一项广泛应用的新技术是微流控技术。在这项技术中,存活或死亡的细菌在通
过直径<1mm的通道时被可视化、计数或分离,因此被应用于生物膜动态监测和抗菌剂效
果的研究。微生物培养、组学、和微流控等方面的新进展,为口腔生态微生态系的组成研究
提供了支持。
口腔微生态系与疾病诊断
2.1口腔菌谱分析
目前常用的口腔菌谱分析即通过高通量测序对采集到的口拭子进行分析,
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