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siRNA靶向特异性的位置效应研究的开题报告

一、研究背景

RNA干扰技术（RNAInterference,RNAi）是一种通过siRNA让细胞特异性靶向降解RNA的技术。siRNA是由约20个碱基的双链RNA分子组成，能够靶向到互补序列的mRNA，介导mRNA的降解过程，从而阻断靶向蛋白质的合成。siRNA由于简单易用、效率高等优点，已被广泛应用于基因沉默和药物研发领域。

然而，siRNA的靶向特异性并非绝对，存在一定的误差。一方面，细胞内可能存在多个互补序列，而siRNA可能会靶向误差；另一方面，siRNA的靶向效应可能会受到细胞内因素的干扰，如mRNA结构、siRNA浓度等。

因此，本研究旨在探究siRNA靶向特异性的位置效应，即siRNA对于其靶向序列的位置偏好，以及该位置效应对于siRNA靶向特异性的影响，为siRNA的应用和优化提供理论基础。

二、研究目的

1.探究siRNA对于互补序列的位置偏好，确定siRNA对于靶向序列的位置有无偏好。

2.分析位置偏好对于siRNA的靶向特异性的影响，确认靶向序列位置是否会影响siRNA的靶向效应。

3.从机理角度探究可能的原因，包括siRNA与靶向mRNA结合的稳定性和调控机制等。

三、研究内容和方法

1.实验设计

-收集siRNA靶向序列以及其相应的靶向效应数据。

-利用生物信息学工具分析siRNA对于互补序列的位置偏好。

-建立靶向序列位置与靶向效应之间的模型，分析位置效应对于siRNA靶向特异性的影响。

-探究机理，包括siRNA与靶向mRNA的稳定性、siRNA的识别机制等。

2.实验方法

-细胞培养、RNA抽提和siRNA转染等基本实验方法。

-siRNA靶向效应的定量分析，包括quantitativePCR(qPCR)、Westernblot等分析方法。

-生物信息学分析工具的使用，如多序列比对、序列自相关性分析等。

四、预期结果

1.确定siRNA对于靶向序列的位置偏好，阐明siRNA对于靶向序列位置的偏好贡献于靶向特异性的调控。

2.探究位置效应的机理，可以为siRNA药物研发和应用提供理论基础。