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蕨类植物的演化记录

依据蕨类植物的化石记录，其首先出现的时期是石炭纪早期。而到了三叠纪时，和一些现今的科有关的蕨类首次地出现了。蕨类尖峰则是出现在白垩纪晚期，当时有许多蕨类植物现今的科首先出现。

蕨类植物传统上是被归类在蕨纲(Filices)里的，但现代的分类法则是将其置于植物界的一门-蕨类植物门(Pteridophyta)内。

传统上，有三个植物类群被认为是蕨类:两个厚囊蕨类-瓶尔小草科Ophioglossaceae(瓶尔小草属、阴地蕨属和蕨萁属)和合囊蕨科Marattiaceae，以及薄囊蕨类。合囊蕨科是赤道蕨类的主要类群，有着肥大的地下茎，且被认为是蕨类主要类群-薄囊蕨类的近亲。而还有其他一些的植物类群被认为是蕨类相关:石松、卷柏、石松门里的水韭、松叶蕨科里的松叶蕨和木贼科里的木贼。但是，较现代的基因研究却显示，石松门和任何其他的维管植物之间都只是远远地关连着，是由维管植物分支的基底演化伸展出去的。而松叶蕨与木贼则和瓶尔小草跟合囊蕨一样是真正的蕨类。事实上，松叶蕨和瓶尔小草毫无疑问地是一个分支，而木贼跟合囊蕨则可以认为是另一个分支。

处理此一情形的一种可能方法是只将薄囊蕨类视为真正的蕨类，而将其他三个类群视为蕨类相关。而在实际上，也已有数个分类法在规划著，并已有了少许的共识。由Smithetal.于2006年提出的新分类法是基于现代基因系统学研究，加上形态学的资料所规划出来的分类法。此一分类法将蕨类植物分成四个纲:

松叶蕨纲Psilotopsida

木贼纲Equisetopsida

合囊蕨纲Marattiopsida

真蕨纲Polypodiopsida

最后一个类群包含着大多数主要被视为蕨类的植物。现今的研究支持以前基于形态学，将紫萁科认为是由薄囊蕨类演化史早期分支出来的一科;在某种意义上，这一科是介于厚囊蕨类和薄囊蕨类的中间位置上。