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ABEEMσπ/MM—应用于蛋白质体系的模拟与分子对接的研究的开题报告

摘要：

本文针对蛋白质体系的模拟与分子对接的研究，提出了一种基于ABEEMσπ/MM力场的方法。ABEEMσπ/MM力场是一种分子力场，能够模拟大分子体系的电子和原子间相互作用，以及溶剂和溶质之间的相互作用。本文的研究主要涉及到装配在核磁共振(NMR)结构中的蛋白质链，并通过分子对接研究与配体结构的相互作用。

通过该方法，我们得到了蛋白质链的结构，并对其进行了优化。同时，我们研究了不同的物理参数以及不同的溶液体系对蛋白质链的结构和稳定性的影响。本文还对配体结构的相互作用进行了研究，并得到了相应的结果。结果表明，该方法能够较好的模拟并预测蛋白质体系的电子和原子间相互作用，以及溶剂和溶质之间的相互作用，从而促进在药物开发领域的研究与应用。

关键词：ABEEMσπ/MM；蛋白质体系；模拟；分子对接

Abstract:

Inthispaper,amethodbasedonABEEMσπ/MMforcefieldisproposedforthestudyofproteinsystemsimulationandmoleculardocking.ABEEMσπ/MMforcefieldisamolecularforcefieldthatcansimulatetheelectronicandatomicinteractionsoflargemolecularsystems,aswellastheinteractionsbetweensolventsandsolutes.Ourstudyfocusesontheassemblyofproteinchainsinnuclearmagneticresonance(NMR)structures,andtheinteractionbetweenproteinandligandstructuresthroughmoleculardocking.

Usingthismethod,weobtainedthestructureoftheproteinchainandoptimizedit.Atthesametime,westudiedtheeffectsofdifferentphysicalparametersanddifferentsolventsystemsonthestructureandstabilityoftheproteinchain.Thispaperalsostudiedtheinteractionbetweenligandstructuresandobtainedcorrespondingresults.Theresultsshowthatthismethodcanwellsimulateandpredicttheelectronicandatomicinteractionsbetweenproteinsystems,aswellastheinteractionsbetweensolventsandsolutes,whichpromoteresearchandapplicationinthefieldofdrugdevelopment.

Keywords:ABEEMσπ/MM;proteinsystem;simulation;moleculardocking