15 常用工具软件和生物信息学资源.ppt

/*/*水稻齿叶矮缩病毒(riceraggedstuntvirus,RRSV)*开放阅读框，一组连续的含有三联子密码的能够翻译成多肽链的DNA序列，它从起始密码子开始，到终止密码子结束。*Palindrome回文180°旋转对称*计算退火温度时，酶切位点和保护性碱基不算在内。*4.ORF酶谱分析OK,OK5.引物设计一:手工设计P-设计5.引物设计二:自动设计

(1)选中所有序列(2)Analyze?FindPCRPrimers(3)检测引物(4)克隆引物酶切位点和保护碱基需要手工加上去！（５）测序引物Analyze?sequencingPrimers（６）简并引物设计Aligment分析后,手工设计６．多重序列联配生物信息学资源和工具NCBI美国国家生物技术信息中心(NationalCenterforBiotechnologyInformation)，NCBI管理着包括GenBank在内的一批数据库,如UniGene、dbSNP、COG、LoccusLink、OMIM和MMDB等。它提供Entrez数据库检索工具、BLAST数据库序列搜索等服务。GenBank:核酸数据库PubMed:文献数据库BLAST：“局部相似性基本查询工具”(BasicLocalAlignmentSearchTool)的缩写，Blast是NCBI研制的一个生物基因数据库系统的查询工具，功能强大，检索速度快，流行于世界上几乎所有的生物信息中心。功能名称功能Blastn用核酸序列搜索核酸序列数据库Blastp用蛋白质序列搜索蛋白质序列数据库Blastx用核酸序列(翻译成蛋白质)搜索蛋白质序列数据库TBlastn用蛋白质序列(翻译成核酸)搜索核酸序列数据库Tblastx用核酸翻译的蛋白质序列搜索核酸翻译的蛋白质序列数据库分子生物学常用综合软件GCG:GCG包含130多个与分析有关的程序。有6种重要生物数据库随程序包一起提供，并由GCG公司负责每两个月更新一次。对DNA和蛋白质分析而言,GCG软件包是功能最强大，使用最广泛的计算机程序之一。一般以网络版服务器提供服务。主要功能：a)限制性酶切图谱b)多序列对比c)DNA到蛋白质的翻译d)蛋白质分析e)数据库搜寻f)PCR引物设计VectorNTI:功能与GCG相似，单机版提供服务。它以美观的界面，友好的操作方法在分子生物学界享有盛誉。FastA格式nametttttacgVector-NTI8.0的使用学习内容提纲1.从GenBank下载目的基因序列2.VectorNTI8.0数据输入3.ORF的分析4.基因酶谱分析5.引物设计6.同源性分析1.从GenBank下载目的基因序列2.VectorNTI8.0数据输入打开软件新建子目录数据输入3.ORF分析----线形化在图形处，右键单击提取RRSV-S6-ORF序列(1)Ctrl+C(2)打开TXT文挡(3)Ctrl+V(4)保存/*/*水稻齿叶矮缩病毒(riceraggedstuntvirus,RRSV)*开放阅读框，一组连续的含有三联子密码的能够翻译成多肽链的DNA序列，它从起始密码子开始，到终止密码子结束。*Palindrome回文180°旋转对称*计算退火温度时，酶切位点和保护性碱基不算在内。*