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多组学分析揭示灵芝属真菌遗传发育与生物功能的分子机理
目录
内容概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5
1.1研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6
1.1.1灵芝属真菌的资源价值概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7
1.1.2多组学技术在生命科学研究中的应用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7
1.2国内外研究现状．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8
1.2.1灵芝属真菌分类学及系统发育研究进展．．．．．．．．．．．．．．．．．．10
1.2.2灵芝属真菌主要生物活性物质研究进展．．．．．．．．．．．．．．．．．．13
1.2.3现有研究方法的局限性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14
1.3研究目标与内容．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15
1.3.1本研究的核心目的．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16
1.3.2主要研究拟解决的关键问题．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18
1.3.3具体研究计划与实施策略．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20
1.4技术路线与研究方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21
1.4.1实验材料与样本采集．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22
1.4.2核心实验技术平台．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24
1.4.3数据处理与分析策略．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25
灵芝属真菌遗传多样性与系统发育分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26
2.1研究材料与基因组测序．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27
2.1.1实验材料的选择与鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28
2.1.2高通量基因组测序策略．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29
2.2基因组组装与注释．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31
2.2.1软件选择与基因组组装流程．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32
2.2.2功能基因与保守基因的注释．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33
2.3遗传多样性评估．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34
2.3.1SSR分子标记分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35
2.3.2基因组变异分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36
2.4系统发育关系构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38
2.4.1系统发育树构建方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．39
2.4.2灵芝属内及近缘属系统发育地位确定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．40
灵芝属真菌转录组与功能解析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．43
3.1样本处理与转录组测序．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．44
3.1.1不同样品的选择．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．45
3.1.2RNA提取与转录组测序实施．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．46
3.2转录组数据质控与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．47
3.2.1数据质量评估与过滤．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．49
3.2.2参考基因组比对与转录本组装．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．51
3.3差异表达基因分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．52
3.3.1DEG筛选与鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．53
3.3.2功能注释与通路富集分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．
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