动物分子遗传育种学(第2章-2).pptxVIP

第二讲基因组序列诠释5.转录物组6.蛋白质组

问题细胞周期的不同时期个体发育不同阶段不同的器官和组织不同的外界环境下各种基因的表达与否、量的差异、表达部位如何

5.转录物组5.1Northern杂交杂交主要步骤：提取总RNA（不同组织、不同器官）↓变性电泳↓制备目的基因探针转移尼龙膜（放射性或化学标记法）杂交↓扫描或放射自显影↓依据杂交信号的强弱、有无判断基因的表达部位、表达量、表达时期等

5.2SAGESAGE（serialsanalysisofgeneexpression）基因表达系列分析1995Velculescu及其同事年创立

进行转录物组研究，也就是转录水平的研究；SAGE区别于差异显示、消减杂交等其它技术的主要特点是可用于寻找那些较低丰度的转录物，最大限度地收集基因组的基因表达信息，这使之成为从总体上全面研究基因表达、构建基因表达图谱的首选策略；通过快速和详细分析成千上万个EST来寻找出表达丰度不同的SAGE标签序列，从而接近完整地获得基因组的表达信息；SAGE可用于在不同环境、不同生理状态及不同生长阶段的细胞和组织表达图谱构建，对不同状态下基因表达水平的定量或定性比较，特别是对疾病组织与正常组织的比较发展迅速；2341SAGE特点：

来自转录物内特定位置的一小段寡核苷酸序列（9~11bp）含有鉴定一个转录物特异性的足够信息，可作为区别转录物的标签（tag）；01通过简单的方法将这些标签串联在一起，形成大量多联体（concatemer），对每个克隆到载体的多联体进行测序，并应用SAGE软件分析，可确定表达的基因种类，并可根据标签出现的频率确定基因的表达风度（abundance）。02SAGE技术的主要理论依据：

SAGE步骤1.将5μg含有oligodT（引物）的磁珠与RNA混合。2.合成双链cDNA。3.用NlaⅢ酶消化形成一条链末端有标签的产物。4.将样品分成两份，连接成含有识别序列的产物，以备用BsmF1消化。5.用MmeI切割每一个样品形成约60bp的标签。

6.延伸5秒，连接成约130bp的双链标签。7.PCR扩增。8.用NlaⅢ酶切130bp产物释放34bp双链标签。9.连接片断形成串联体。10.克隆到pZErO-1+里，并测序。

SAGE实例

5.3基因芯片何为生物芯片?生物芯片主要指通过平面微细加工技术在固体芯片表面构建的微流体分析单元和系统，以实现对细胞、蛋白质、核酸以及其他生物组分的准确、快速、大信息量的检测。它是继大规模集成电路之后的又一次具有深远意义的科学技术革命。

生物芯片分类

基因芯片基因芯片技术是指通过微阵列(Microarray)技术将高密度DNA片段阵列通过高速机器人或原位合成方式以一定的顺序或排列方式使其附着在如玻璃片等固相表面，以荧光标记的DNA探针，借助碱基互补杂交原理，进行大量的基因表达及监测等方面研究的最新革命性技术。

基因芯片发展历史SouthernNorthernBlotDotBlotMacroarrayMicroarray

STEP4STEP3STEP2STEP1基因表达检测拟南芥、酵母基因表达研究等突变检测BRCAⅠ基因外显子、CFTR基因、β-地中海贫血、酵母突变菌株、HIV-1逆转录酶及蛋白酶基因等的突变检测等基因组多态性分析人类基因组单核苷酸多态性的鉴定及分系析，人线粒体16.6kb基因组多态性的研究等基因文库作图通过确定重叠克隆的次序从而对酵母基因组进行作图基因芯片的主要应用

TypesofDNAChips

01基因芯片研制的总体蓝图0