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生物信息分析师考试试卷
一、单项选择题(共10题,每题1分,共10分)
以下哪个工具常用于短读长测序数据与参考基因组的比对?
A.BWA-MEM
B.BLAT
C.Mummer
D.ClustalW
答案:A
解析:BWA-MEM是针对Illumina短读长(50bp-100kb)的高效比对工具(LiDurbin,2009);BLAT主要用于mRNA与基因组的跨物种比对;Mummer用于组装后的基因组比对;ClustalW是多序列比对工具。
下列哪种文件格式用于存储测序原始数据的序列及质量信息?
A.FASTA
B.FASTQ
C.BAM
D.VCF
答案:B
解析:FASTQ格式包含序列(@开头)、质量值(+开头),是NGS原始数据的标准格式;FASTA仅存储序列;BAM是比对后的二进制格式;VCF存储变异信息。
在RNA-seq差异表达分析中,常用的校正多重检验的方法是?
A.t-test
B.FDR(Benjamini-Hochberg)
C.ANOVA
D.Pearson相关系数
答案:B
解析:FDR(错误发现率)通过Benjamini-Hochberg方法校正多重检验,避免假阳性;t-test用于两组均值比较;ANOVA用于多组比较;Pearson相关系数衡量线性相关性。
以下哪个数据库主要存储蛋白质功能注释信息?
A.NCBIGenBank
B.Ensembl
C.UniProt
D.dbSNP
答案:C
解析:UniProt是蛋白质序列与功能注释的核心数据库;GenBank存储核酸序列;Ensembl提供基因组注释;dbSNP存储单核苷酸多态性。
单细胞RNA-seq数据降维常用的算法是?
A.BLAST
B.PCA(主成分分析)
C.KEGG富集
D.动态规划
答案:B
解析:PCA通过线性变换降低数据维度,保留主要变异信息,是单细胞数据降维的基础;BLAST用于序列相似性搜索;KEGG富集分析功能;动态规划用于序列比对。
以下哪种变异类型无法通过常规全外显子测序(WES)检测?
A.SNP(单核苷酸多态性)
B.Indel(插入缺失)
C.CNV(拷贝数变异)
D.染色体易位
答案:D
解析:WES仅覆盖外显子区域,染色体易位涉及大尺度结构变异,需全基因组测序(WGS)或染色体核型分析;SNP、Indel、CNV(部分)可通过WES检测。
质量控制工具FastQC主要用于评估?
A.比对效率
B.变异检测准确性
C.原始测序数据质量
D.基因表达量相关性
答案:C
解析:FastQC通过分析测序读长的质量值分布、GC含量、接头污染等评估原始数据质量;比对效率用Picard统计;变异检测准确性需金标准验证;基因表达量相关性用相关性分析。
以下哪个软件用于ChIP-seq数据的转录因子结合峰识别?
A.DESeq2
B.MACS2
C.Salmon
D.GATK
答案:B
解析:MACS2(Model-basedAnalysisforChIP-Seq)是ChIP-seq峰识别的经典工具;DESeq2用于RNA-seq差异表达;Salmon用于转录本定量;GATK用于变异检测。
下列哪项是生信分析中“批次效应”的主要解决方法?
A.增加生物学重复
B.使用ComBat算法校正
C.提高测序深度
D.过滤低表达基因
答案:B
解析:ComBat通过经验贝叶斯方法校正不同批次间的系统误差;增加重复提高统计效力;提高深度减少随机误差;过滤低表达基因降低噪声。
以下哪种数据格式是SAM文件的二进制压缩版本?
A.BAM
B.VCF
C.GTF
D.FASTA
答案:A
解析:BAM(BinaryAlignment/Map)是SAM的二进制压缩格式,节省存储空间且支持快速随机访问;VCF存储变异;GTF存储基因注释;FASTA存储序列。
二、多项选择题(共10题,每题2分,共20分)(每题至少2个正确选项)
以下属于二代测序(NGS)技术特点的有?
A.高通量
B.长读长(10kb)
C.短读长(50-300bp)
D.单分子测序
答案:AC
解析:NGS(如Illumina)以高通量、短读长(50-300bp)为特征;长读长(10kb)是三代测序(如PacBio)的特点;单分子测序属于三代技术(如OxfordNanopore)。
基因组变异注释常用的数据库包括?
A.dbSNP
B.COSMIC
C.gnomAD
D.KEGG
答案:ABC
解析:dbSNP(SNP数据库)、COSMIC(癌症突变数据库)、gnomAD(人群变异频率数据库)均用于变异注释;KEGG是通路数据库,用于功能富集。
单细胞RNA-s
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