11种铁皮石斛叶绿体基因组分析及分化时间推算.pdfVIP

浙江大学学报（农业与生命科学版）51（2）：291~302，2025

JournalofZhejiangUniversity(Agric.LifeSci.)

https：///agr

E-mail：zdxbnsbDOI：：10.3785/j.issn.1008-9209.2024.08.261

11种铁皮石斛叶绿体基因组分析及分化时间推算

11221,3*

周宇，刘苑坤，方玉占，周坚宏，陈家悦

（1.杭州拾光欣雅生物技术有限公司，浙江杭州310000；2.植然方适（乐清）农业科技有限公司，浙江温州325600；

3.北京大学现代农业研究院，山东潍坊261000）

摘要研究不同产地来源的铁皮石斛（Dendrobiumofficinale）遗传差异性，有利于深入了解铁皮石斛物种起源与分

化，为铁皮石斛种质资源的保护提供理论依据。本研究分析了11种不同产地来源的铁皮石斛叶绿体基因组结构及

特征。结果表明：11种铁皮石斛叶绿体基因组均为四分体结构，总长度为152018～152250bp，包含124～131个基

因，其中蛋白编码基因76～80个，rRNA基因8个，tRNA基因37～38个。通过对比叶绿体基因组大单拷贝区

（largesinglecopy,LSC）/反向重复区（invertedrepeat,IR）/小单拷贝区（smallsinglecopy,SSC）边界信息、序列共线

性和简单重复序列发现，11种铁皮石斛叶绿体基因组整体差异度较小，但也存在一定的序列不一致性，如浙江铁

皮石斛与其他10种铁皮石斛在IRb/SSC边界处显示出不同；以雁荡山铁皮石斛为参考基因组的共线性分析显示

其与台湾铁皮石斛在IRb区域表现出较大的序列差异；同样，在简单重复序列的数量和种类上11种铁皮石斛也表

现出一定的差异。利用分子钟原理推算显示，在本研究的11种铁皮石斛中，云南铁皮石斛最先分化形成，分化时

间为8.98百万年前（millionyearsago,Mya），随后依次分化出现雁荡山、台湾、广西、贵州、浙江、福建、广东、湖南和

江西等地铁皮石斛，安徽霍山铁皮石斛最后分化出现，时间为0.02Mya。综上所述，本研究的11种铁皮石斛序列

差异小且保守、进化速率相对较慢。不同地域之间铁皮石斛亲缘关系较近、种植背景模糊，可能与不同地域相互

引种有关，也可能是在自然演化过程中部分产地地理条件特殊，使得该产地铁皮石斛更容易发生变异。

关键词铁皮石斛；叶绿体基因组；序列分析；分化时间

中图分类号Q941文献标志码A

引用格式周宇,刘苑坤,方玉占,等.11种铁皮石斛叶绿体基因组分析及分化时间推算[J].浙江大学学报(农业与生

命科学版),2025,51(2):291-302.DOI:10.3785/j.issn.1008-9209.2024.08.261

ZHOUYu,LIUYuankun,FANGYuzhan,etal.Chloroplastgenomeanalysisanddivergencetimeestimationof11

Dendrobiumofficinale[J].JournalofZhejiangUniversity(AgricultureandLifeSciences),2025,51(2):291-302.

Chloroplastgenomeanalysisanddivergencetimeestimationof11

Dendrobiumofficinale

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