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食品微生物发酵过程的微生物组学分析
目录
内容概要．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．2
1.1研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3
1.2微生物组学技术概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7
1.3食品发酵过程中微生物组变化研究现状．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8
食品发酵过程中微生物组的采样与制备．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10
2.1样品采集方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12
2.2总DNA提取与纯化．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14
2.3实验室前处理技术．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16
微生物组宏基因组学分析方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17
3.1高通量测序技术．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21
3.2序列数据处理流程．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24
3.3微生物群落结构解析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28
微生物群落功能学分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30
4.1基于基因注释的功能预测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31
4.2代谢途径分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32
4.3功能重要性评估．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33
发酵过程中微生物组动态变化研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34
5.1不同发酵阶段微生物群落演替．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38
5.2关键菌属的鉴定与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．39
5.3环境因素对微生物组的影响．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．43
食品发酵品质与微生物组的关联性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．46
6.1食品风味形成机制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．48
6.2发酵产物与微生物群落相互作用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．51
6.3品质调控的微生物学策略．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．53
微生物组学分析技术的前沿进展．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．55
7.1单细胞微生物组学技术．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．56
7.2空间微生物组学研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．61
7.3多组学整合分析策略．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．63
结论与展望．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．64
8.1研究总结．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．67
8.2未来研究方向．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．68
1.内容概要
食品微生物发酵是一类基于自然界中的微生物（如细菌、酵母或霉菌）的作用，来调整食品的风味、质地或营养价值的过程。其核心在于利用微生物的可控生长和代谢活动，将原料转化成为具有特殊风味和营养价值的产品，同时提高产品的适用性和安全性标准。这一过程常常涉及复杂的相互作用，包括物质的生物转化、酶促反应、产物累积与释放等。这些变化不仅是消费者吃的喜悦之源，也是食品工艺开源创新的生命线所在。
微生物组学是对微生物群落内组成成分的全面研究，特别是在多样性、分布、结构与功能关系方面。随着高通量测序技术的进步，对发酵过程中微生物基因组及其功能情况的深入理解逐渐成为可能。诸如宏基因组学领域的探究，可以揭示发酵过程中被激活的潜在基因网络，进而推测这些基因在调控最终发酵产物质量中的作用。同时转录组学、蛋白组学和代谢组学为分析在特定条件下活跃的微生物生命活动提供了途径。若结合以上诸多的“组学”研究，便能更清晰地揭示出微生物如何
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