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果实成熟相关基因的功能机制研究

目录

内容概览．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.1研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

1.2果实成熟过程概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6

1.3果实成熟相关基因研究现状．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7

1.4本研究的主要目的和内容．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10

果实成熟相关基因的鉴定与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12

2.1果实成熟相关基因的筛选策略．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13

2.1.1基因组数据库的利用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15

2.1.2差异表达分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17

2.2果实成熟相关基因的序列特征分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21

2.2.1生物信息学分析方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23

2.2.2基因结构特征．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25

2.3果实成熟相关基因的表达模式分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27

2.3.1不同发育阶段的表达模式．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31

2.3.2不同组织的表达模式．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32

2.3.3胁迫条件下的表达模式．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33

果实成熟相关基因的功能验证．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．40

3.1基因功能验证方法概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41

3.1.1过表达分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．43

3.1.2基因沉默分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．46

3.1.3蛋白互作分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．47

3.2果实成熟相关基因的功能解析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．49

3.2.1信号转导相关基因．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．54

3.2.2激素代谢相关基因．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．58

3.2.3代谢途径相关基因．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．59

3.2.4结构调控相关基因．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．60

果实成熟相关基因的分子机制研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．62

4.1果实成熟相关基因的调控机制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．63

4.1.1转录因子调控．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．66

4.1.2表观遗传调控．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．68

4.1.3非编码RNA调控．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．69

4.2果实成熟相关基因的网络互作分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．73

4.2.1基因互作网络构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．76

4.2.2关键基因的识别．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．79

4.3果实成熟相关基因的进化分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．81

4.3.1基因家族的进化关系．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．85

4.3.2不同物种间的比较．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．87

研究展望．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．89

5.1果实成熟相关基因研究的未来方向．．．．．．．．．．．．