猪非典型瘟病毒广西流行株的鉴定与遗传进化分析.pdfVIP

46卷4期国预防兽医学报Vol.46，No.4

2024年4月ChineseJournalofPreventiveVeterinaryMedicineApr.2024

doi10.3969/j.issn.1008-0589.202309004

猪非典型瘟病毒广西流行株的鉴定与遗传进化分析

11谢1123梁11熊1*

谢守玉，魏园园，颖，黄张玲，周明旭，颜健华，凤，军，毅

(1.广西动物疫病预防控制中心，广西宁530001；2.广西农业职业技术大学广西宁530007；3.广西大学广西宁530005)

摘要：为了解猪非典型瘟病毒(APPV)广西流行株的遗传进化特点，本研究从广西3个地区共采集23份患先

天性震颤(CT)症状的新生仔猪脑、肝脏、脾脏、肾脏等组织样品，采用荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)检测APPV，

经RT-PCR分段扩增APPV阳性样品的全基因组序列，结果显示，检出18份APPV阳性样品，RT-PCR分段扩增并经

测序拼接后共获得4条APPV广西流行株全基因组序列，结合GenBank登录的共有9条APPV广西流行株全基因组序

列，采用BLAST及BioEdit软件分APPV广西流行株全基因组序列的相似性；利用Mega7.0软件绘制ORF、Npro、

Erns及E2基因的系统发育树；通过Bepipred2.0软件预测APPV囊膜糖蛋白Erns、E2蛋白的线性抗原表位；利用

NetNGlyc1.0在线软件预测APPVErns、E2蛋白N-糖基化位点；利用RDP5和SimPlot软件分APPV广西流行株全基

，

因组的重组性。相似性结果显示9条APPV广西流行株全基因组序列与GenBankAPPV流行株全基因组序列的相

、湖北、湖南、四川、广西及广东；

似性最高为89.9%99.8%，且这些流行株分别来源于河北等地APPV广西流

行株之间及与国内APPV参考株全基因组序列的相似性分别为79.4%99.6%及77.1%98.3%，表明APPV广西

。遗传进化分，

流行株基因组进化来源广泛且复杂，并且APPV广西流行株之间的差异较大显示ORF系统发育

，，，

树分为3个基因型APPV广西流行株GX01-2019属于I-2基因亚型GX02-2018株属于I-3基因亚型GX02-2019株属

prorns

，，。

于Ⅱ基因型其余则属于I-1基因亚型N、E、E2基因的系统发育趋势与ORF基本一致表明APPV广西流行株

，