2025年大学《生物信息学》专业题库—— 生物信息学在植物病害防控中的应用.docxVIP

2025年大学《生物信息学》专业题库——生物信息学在植物病害防控中的应用

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、

简述生物信息学在植物病害病原体鉴定中的主要作用及常用方法。

二、

描述利用基因表达谱数据（如RNA-Seq）分析植物对病害响应的基本流程，并说明在分析中需要注意的关键点。

三、

什么是系统发育分析？简述系统发育树构建的基本原理，并说明其在区分病原菌种类、溯源等方面的应用价值。

四、

列举几种常见的植物抗病基因结构特征，并简述利用生物信息学方法挖掘候选抗病基因的常用策略。

五、

简述全基因组关联分析（GWAS）的基本原理及其在定位植物抗病基因中的应用过程。

六、

生物信息学数据库在植物病害研究中扮演着重要角色。请列举至少三个与植物病原菌或抗病基因研究相关的权威生物信息学数据库，并简要说明其中一个数据库的主要功能。

七、

简要介绍利用生物信息学方法进行植物病害预测预警的可能途径，并举例说明如何利用基因表达数据或病原菌群体遗传学数据辅助制定病害防控策略。

八、

比较基于高通量表型数据（如高分辨率成像）和基于分子数据（如基因表达）的植物抗病性评价方法的异同。

九、

在设计一个利用生物信息学手段研究某种特定植物病害的项目时，你会考虑哪些关键步骤？请概述其核心流程。

试卷答案

一、

生物信息学通过序列比对、基因组注释、系统发育分析等方法，能够快速准确地鉴定未知病原体的遗传背景和分类地位。常用方法包括：利用BLAST等工具在公共数据库中比对病原体基因或基因组序列；通过构建系统发育树，将待鉴定病原体与已知病原体进行比较；利用宏基因组学数据分析环境样本中的病原体组成；通过比较毒力基因、效应蛋白等关键基因家族的特征进行鉴定和溯源。

二、

基本流程包括：数据预处理（质量控制、去除低质量读段、比对参考基因组或转录组）；差异表达分析（识别病害相关上调或下调基因）；功能注释与富集分析（利用GO、KEGG等数据库注释基因功能，并进行通路富集分析）；路径分析（如利用PPI网络分析协同作用基因）。关键点包括：确保高质量的数据输入；选择合适的参考基因组或转录组；采用恰当的差异表达分析方法；正确解读功能注释和富集分析结果，结合生物学知识理解基因在病害响应中的作用。

三、

系统发育分析是基于生物体（如DNA、RNA、蛋白质）分子序列的相似性，运用统计学方法构建进化关系树状图的过程。基本原理通常基于进化模型（如Jukes-Cantor、Neighbor-Joining、MaximumLikelihood、Bayesian方法），这些模型假设进化速率在各个位点可能不同，并通过计算序列间的距离或相似度来构建树。应用价值在于：可以客观地揭示不同病原菌或病原菌与其他生物之间的进化关系和亲缘关系；有助于对不同病原物进行分类和鉴定；可用于追踪病原体的地理来源、传播路径和进化历史。

四、

常见的植物抗病基因结构特征包括：富含密码子偏好性（尤其中期密码子使用频率高）、具有保守的N端信号序列（用于蛋白定位）、存在特定的结构域（如激酶域、受体域、转录因子域）、在基因组中常成簇分布、存在启动子区域的多拷贝序列或重复序列。挖掘候选抗病基因的常用策略包括：利用生物信息学数据库（如Phytozome）注释基因组中的开放阅读框（ORFs），筛选具有抗病基因家族特征（如结构域）的基因；通过全基因组重测序数据识别群体中频率差异的候选基因；利用基因表达谱数据筛选在病害响应中特异上调的基因；基于同源基因挖掘（如从模式植物中寻找同源基因）。

五、

全基因组关联分析（GWAS）是一种在群体水平上利用全基因组测序或重测序数据，寻找与特定表型（如抗病性）相关联的遗传变异（通常是SNPs）的统计方法。基本原理是计算群体中每个SNP的等位基因频率，并比较病例组和对照组（或抗病组和感病组）之间SNP频率的差异，统计上显著的SNP位点可能位于与目标性状连锁的基因附近。应用过程通常包括：构建高质量的重测序数据或基因分型数据；进行群体遗传结构分析和近交系数校正；选择合适的GWAS软件（如GWASoftware,SAIGE）；进行关联分析，筛选出达到统计学显著水平的SNPs；对显著SNPs所在的区域进行基因注释和功能分析，鉴定候选抗病基因。

六、

权威生物信息学数据库包括：GenBank（美国国家生物技术信息中心，最大的核苷酸序列数据库，提供海量序列数据和相关信息）；Phytozome（整合多种植物的基因组、转录组、蛋白质组等多组学数据，构建基因注释和进化关系图，特别适合植物研究）；NCBIRefSeq（提供注释的高质量参考基因组序列）；PlantGDB（植物基因组数据库，提供多种植物的基因组信息和注释）。例如，Phytozome数据库的主要功能是为研究人