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2025年大学《生物信息学》专业题库——系统生物学在疾病发病机制研究中的应用

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、

简述系统生物学的核心思想，并说明它与传统的还原论研究方法有何根本不同。

二、

列举至少三种在系统生物学研究中常用的生物信息学数据库，并简要说明每种数据库的主要功能。

三、

基因表达谱数据分析是系统生物学研究的重要组成部分。请简述从原始基因表达数据到识别差异表达基因及潜在功能通路分析的主要步骤，并提及每个步骤中可能用到的一种关键生物信息学方法或工具。

四、

蛋白质相互作用网络是理解细胞信号传导和功能调控的关键。请解释网络拓扑参数（如度、介数中心性）的含义，并说明这些参数如何帮助我们识别网络中的关键蛋白质节点（如Hub蛋白或模块核心蛋白）及其在疾病发生发展中的作用。

五、

系统生物学方法在癌症研究中已显示出巨大潜力。请以某种特定癌症（如结直肠癌）为例，概述系统生物学研究是如何帮助揭示其发病机制、识别潜在诊断标志物或治疗靶点的。

六、

整合多组学数据（例如，结合基因表达数据和蛋白质组数据）进行联合分析，是系统生物学研究中的一个重要策略。请论述进行多组学数据整合的主要挑战，并提出至少两种应对这些挑战的思路或方法。

七、

机器学习和人工智能技术在系统生物学与疾病研究中的应用日益广泛。请举例说明机器学习或AI可以在哪些方面辅助进行疾病预测、药物靶点发现或生物标志物识别，并简述其基本原理。

八、

系统生物学研究虽然带来了许多突破，但也面临诸多挑战。请列举至少三个当前系统生物学研究在理论、技术或应用层面上的主要挑战，并针对其中一个挑战，提出你的看法或可能的解决方案。

试卷答案

一、

系统生物学的核心思想是研究系统整体的特性，认为系统是由相互联系、相互作用的各个部分组成的有机整体，其整体行为不能简单地由各部分行为的叠加得到。它强调从整体、动态、多层次的角度理解复杂的生命系统。与传统还原论研究方法（即通过分解系统为各个组成部分来理解整体）不同，系统生物学注重研究组分之间的相互作用和网络关系，关注系统层面的涌现属性，并试图通过计算模型来模拟和预测系统的行为。

二、

列举的三种生物信息学数据库及其功能：

1.OMIM(OnlineMendelianInheritanceinMan):提供人类基因和遗传特征的全面、权威的描述，包含基因定位、功能注释、相关疾病信息、文献引用等。

2.KEGG(KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes):整合了基因、蛋白质、通路、疾病等多维度信息，提供通路图数据库（KEGGPATHWAY）、药物信息、疾病信息等，是进行通路富集分析和理解生物学过程的常用资源。

3.STRING(SearchToolforInteractionsofProteins):专注于蛋白质相互作用信息，整合了多种来源的实验证据和预测数据，提供蛋白质相互作用网络，并计算相互作用的可信度。

三、

主要步骤及关键方法：

1.数据预处理：对原始基因表达数据进行标准化处理（如使用RMA、Quantilenormalization等），去除批次效应和噪声，常用的工具包括`limma`、`edgeR`等。

2.差异表达分析：识别在不同条件下（如疾病与正常对比）表达水平发生显著变化的基因。常用的方法包括t检验、ANOVA、置换检验等，使用`limma`、`edgeR`、`DESeq2`等包进行。

3.功能注释与富集分析：对差异表达基因进行功能注释（如GO富集分析、KEGG通路富集分析），以了解这些基因主要参与的生物学过程和通路。常用的方法/工具包括GOseq、gseabio、KEGGMapper、Metascape等。

4.网络分析（可选）：可将差异表达基因构建成蛋白相互作用网络或基因调控网络，进一步分析其中的关键节点和模块。

四、

网络拓扑参数含义及应用：

*度(Degree):节点连接的边数。高度节点（Hub蛋白）通常与其他许多节点相连，在网络中处于核心地位，可能扮演关键调控角色。在疾病中，这些Hub蛋白可能成为重要的诊断或治疗靶点。

*介数中心性(BetweennessCentrality):节点出现在网络中其他节点对最短路径上的频率。高介数中心性的节点位于网络流量的关键通道上，能够调控其他节点间的信息传递。这类节点可能在信号传导网络中起桥梁作用，与疾病发生发展密切相关。

五、

以结直肠癌为例：

系统生物学研究通过整合多组学数据（基因表达、甲基化、蛋白质组、代谢组等）构建结直肠癌的分子网络模型。通过分析这些网络，可以：

1.揭示发病机制：识别在结