爪哇香茅叶绿体基因组的组装与序列分析.pdfVIP

热带作物学报2025,46(10):23462354

ChineseJournalofTropicalCrops

爪哇香茅叶绿体基因组的组装与序列分析

1111111,2*

罗佳霖，窦秋玉，郭大中，陈浩文，罗丽晶，李佳屹，范源洪

1.云南农业大学农学与生物技术学院，云南昆明650201；2.云南省高原特色农业产业研究院，云南昆明650201

摘要：本研究以爪哇香茅草为试验材料，采用IlluminaNovaSeq6000测序平台对爪哇香茅的DNA序列进行测序。

使用GetOrganellev软件对测序数据进行组装，构建叶绿体基因组。参照已知的曲序香茅叶绿体基因组，对爪哇

香茅草叶绿体基因组进行注释，并进行基因组特征分析和进化树构建。研究结果表明：爪哇香茅叶绿体基因组全长为

139823bp，其结构为典型的环状四分体，GC含量为38.45%，AT含量为61.55%，包括长度为82214bp的1个大单

拷贝区（LSC）、长度为21368bp的1对反向重复区（IR）和1个14873bp的小单拷贝区（SSC）；在爪哇香茅叶绿体

基因组中共注释到130个基因（其中包含85个mRNA基因、37个tRNA基因、8个rRNA基因）；此外，注释到的这

些基因中含有16个双拷贝基因，所占比例为12.31%，分别是7个tRNA基因、4个自我复制基因、4个rRNA基因、

2个未知功能蛋白基因、1个NADH脱氢酶亚基基因。在爪哇香茅叶绿体基因组中检测到144个SSR位点，其中单核

苷酸重复占绝对优势，以A/T为主；对4个香茅属物种的反向重复序列边界进行比较后发现，曲序香茅、喜马拉雅香

茅与爪哇香茅在基因结构和种类上表现出极高的同源性，其中ndhH基因均位于小单拷贝区（SSC），而ndhF基因则均

位于SSC与IRb的边界区域，但爪哇香茅在LSC区比曲序香茅（Cymbopogonflexuosus）和喜马拉雅香茅（Cymbopogon

pospischilii）多出一个rps3基因；进化树分析表明，爪哇香茅草与喜马拉雅香茅、柠檬草（Cymbopogoncitratus

MK593547.1）亲缘关系最近。本研究完成了爪哇香茅完整叶绿体基因组组装及注释，解析了爪哇香茅叶绿体基因组特

征，初步探明爪哇香茅在香茅属内的系统发育关系地位，为香茅属植物系统发育、遗传多样性和基因组研究，以及重

要功能基因的挖掘利用奠定良好基础。

关键词：爪哇香茅草；叶绿体基因组；组装；注释；进化树分析

中图分类号：S573.4文献标志码：A

AssemblyandSequenceAnalysisoftheChloroplastGenomeof

Cymbopogonwinterianus

1111111,2*

LUOJialin,DOUQiuyu,GUODazhong,CHENHaowen,LUOLijing,LIJiayi,FANYuanhong

1.CollegeofAgricultureandBiotechnology,YunnanAgriculturalUniversity,Kunming,Yunnan650201,China;2.YunnanPlateau

CharacteristicAgriculturalIndustryResearchInstitute,Kunming,Yunnan650201,China

Abstract:Inthisstudy,Cymbopogonwinterianuswasusedastheexperim