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第56卷第5期海洋与湖沼Vol.56,No.5

2025年9月OCEANOLOGIAETLIMNOLOGIASINICASep.2025

紫菜zf-BED转录因子的鉴定与比较进化分析*

王若寒1,2高大海1,2①

(1.上海海洋大学水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室上海201306;

2.上海海洋大学上海水产养殖工程技术研究中心上海201306)

摘要zf-BED(zinc-fingerBED)转录因子家族广泛参与调控植物生长发育以及逆境响应,但紫菜

(Porphyrasensulato)中zf-BED的组成和进化模式尚未明确。基于条斑紫菜(Pyropiayezoensis)、坛紫

菜(Pyropiahaitanensis)和脐形紫菜(Porphyraumbilicalis)基因组数据,通过生物信息学方法鉴定到11

个条斑紫菜、2个坛紫菜和1个脐形紫菜zf-BED基因。根据其结构域特征分为4个类别:陆地植物

中常见的I类(zf-BED_DUFdomain_Dimer_Tnp_hAT)、II类(zf-BED)、IV类(zf-BED_DUFdomain)以

及一个包含碳氮水解酶结构域,不同于陆地植物的新类别(zf-BED_C-N_Hydrolase)。基因同源性分析

和系统发育分析的结果表明,条斑紫菜zf-BED基因与坛紫菜存在2个直系同源基因,与脐形紫菜存在

1个直系同源基因,zf-BED基因在条斑紫菜中发生了特异性扩增。此外,紫菜与陆地植物zf-BED基因

聚在一起,形成两个分支,推断其具有古老的起源。基于条斑紫菜和坛紫菜的营养藻丝、壳孢子囊枝

及30日龄叶状体的转录组数据,发现zf-BED基因在不同发育阶段的表达模式存在差异。该研究系统

分析了紫菜zf-BED的基因构成、系统发育关系和表达特征,揭示了该基因家族在紫菜中的进化特征

及功能分化现象,为阐明紫菜zf-BED基因的生物学功能提供一定的理论依据。

关键词条斑紫菜;坛紫菜;脐形紫菜;zf-BED基因家族;生物信息学分析;表达分析

中图分类号Q943;Q789;Q949.9doi:10.11693/hyhz20250400109

转录因子作为调控植物生长发育和应对环境胁迫associatedfactor)和DREF(DNAreplication-related

的关键因子,一直是植物生物学研究的热点(Broun,element-bindingfactor)蛋白中被鉴定到时,由二者名

2004;Zhangetal,2022;Koyama,2023)。转录因子能称的首字母组合而成,该结构域广泛存在于植物、动

够执行多样的生物学功能,主要源于其种类多样性和物和真菌细胞调控因子和转座酶中(Zhouetal,2017)。

特异性,即每个家族都拥有其独特的分子结构和DNABED结构域由大约50~60个氨基酸残基组成,这些氨

结合特性(Hughes,2011)。锌指蛋白(zincfinger基酸残基包含一个有组织的基序,该基序具有两个高

protein,ZFP)是一类广泛参与植物生长发育调控及逆度保守的芳香族位置以及一个共享的半胱氨酸和组氨

境响应的多功能蛋白家族,主要分为C2H2型、C4型酸模式,这种模式有助于形成锌指结构,使其具有

和C6型等类型(Klugetal,1995;