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#分析流程#RNA-Seq质量评估流程
Agonyr
背景：当我们拿到RNA-Seq的rawreads，现有的各种批处理流程，都可以让我们直接从质
量修正、序列修剪、map到组、计算表达值到最后获得差异表达，甚至获得差异
的蛋白PPI网络、差异的GO/pathway富集分析结果、差异参与的转录调控网
络、差异表达的上游转录调控因子、下游调控靶、上游调控microRNA等
但是！你知道rawreads获得的cleanreads比例吗？你的cleanread中有多少uniquemap到
了组上？转录组的覆盖度？转录组的平均深度？你知道你的转
录本覆盖均一度吗？你知道map到组中的CDS区域的比例吗？
下面我们逐个来解释下：
1.转录组的质量分布统计，这个我们最常用的fastQC以及fastxtookit工具（使用说明见往
期消息，）。
2.低质量序列过滤结果
我们可以用饼图来直观展示cleanreads的比例
3.序列比对map结果直观展示
SampleSample
#分析流程#RNA‑Seq质量评估流程
阿格尼尔
背景：当我们拿到了RNA‑Seq的原始reads，现有的各种批处理流程，都可以直接从质量修
改、序列修剪、map到组、计算表达值到最终获得差异表达，甚至获得差异
的表达PPI网络、差异的GO/pathway富集结果分析、差异参与的极化网络络、差
异表达靶的上游调控网络、差异表达靶的上游调控、上游调控
microRNA等
但是！你知道原始获得的cleanreads比例吗？你的cleanread有多少独特的映射到了
组上？调整组的旋转覆盖度？调整组的平均深度？你知道你的转录
本覆盖均一次吗？你知道映射到组中的CDS区域的比例吗？
下面我们逐个来解释下：
1.重构组的质量分布统计，这是我们最常用的fastQC以及fastxtookit工具（使用说明见
往期消息，）。
2.低质量序列过滤结果
我们可以用饼图来观察展示干净的比例
3.序列比对图结果洞察展示
样本样本
namecontrol
readsafterQCNo
highq
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