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2025年大学《生物信息学》专业题库——生物信息学在小RNA调控胚胎干细胞发育机制研究中的作用

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、

简述小RNA（以miRNA为例）在分子水平上调控基因表达的机制。请说明其主要的生物合成途径，并列举至少两种用于预测miRNA靶基因的生物信息学工具。

二、

在利用sRNA测序技术研究ESCs分化过程中，数据预处理阶段通常需要进行哪些关键步骤？请解释去除rRNAreads的必要性和常用方法。

三、

设有一项研究比较了未分化状态ESCs与诱导分化3天的ESCs的sRNA表达谱。简述你会如何使用R语言中的DESeq2包进行差异sRNA的分析，需要列出至少三个关键步骤及其对应的R代码片段（以公式或伪代码形式）。

四、

解释什么是GO富集分析，并说明在进行sRNA功能研究时，进行GO富集分析的目的。假设分析结果显示差异表达miRNA的靶基因主要富集在“细胞分化”和“信号转导”两个GO术语中，请简要阐述这可能意味着什么。

五、

描述构建sRNA-mRNA调控网络的常用方法。如果你获得了sRNA表达数据、靶基因预测结果以及基因表达数据，你会如何整合这些信息并进行网络可视化？请提及至少两种可以使用的生物信息学工具或软件。

六、

在分析小RNA调控ESCs发育的实验数据时，可能会遇到哪些常见的局限性？请至少列举三种，并简要说明其中一种局限性可能如何影响研究结论的解读。

七、

假设你通过生物信息学分析发现，某一特定miRNA（例如，let-7a）在分化过程中表达显著上调，并且其预测靶基因包含一些与细胞凋亡相关的关键蛋白。请基于这些信息，提出一个可能的、需要进一步实验验证的生物学假说。

八、

比较并说明在分析ESCs中sRNA调控发育机制时，使用机器学习模型（如随机森林）进行分类或预测与分析传统统计方法（如t-test，ANOVA）进行差异表达分析的主要区别和潜在优势。

试卷答案

一、

小RNA（以miRNA为例）通过不完全互补结合到靶mRNA的3非编码区（3UTR），通常导致靶mRNA的降解或抑制其翻译，从而降低靶蛋白的丰度。其主要生物合成途径包括：1）转录起始：由RNA聚合酶II转录产生包含miRNA前体的长链初级转录本（pri-miRNA）；2）核内加工：由RNA解旋酶Drosha和其辅助蛋白DGCR8在核内切割pri-miRNA，形成约70nt的茎环结构前体miRNA（pre-miRNA）；3）核质转运：pre-miRNA通过Exportin-5和Ran-GTP转运至细胞质；4）细胞质加工：由RNA酶III型酶Dicer切割pre-miRNA，产生约21-23nt的双链miRNA（miRNA:miRNA*）；5）成熟miRNA组装：miRNA链（guidestrand）与其互补链（passengerstrand，通常被降解）组装进RNA诱导沉默复合体（RISC）；6）靶mRNA调控：RISC复合体识别并调控靶mRNA。常用预测工具：TargetScan,miRanda,RNAhybrid。

二、

sRNA测序数据预处理关键步骤包括：1）质量控制：使用FastQC等工具评估原始数据质量，剔除低质量reads；2）去除adapter序列和污染物：使用Trimmomatic等工具修剪adapter序列和测序错误、引物等污染物；3）去除rRNAreads：由于sRNA测序数据常包含大量来自核糖体的rRNA转录本，需使用如BBMap或htslib工具的rRNA过滤功能去除，以减少噪音，提高sRNA检测的准确性。

三、

使用DESeq2进行差异sRNA分析步骤：

1）导入安装包：`library(DESeq2)`

2）读取和处理计数数据：创建CountData框，如`countData-read.table(sra_counts.txt,row.names=1,header=TRUE,check.names=FALSE)`,然后创建DESeq对象：`dds-DESeqDataSetFromCount(countData=countData,design=~condition)`（其中condition为分组因素）。

3）进行差异表达估计：`dds-DESeq(dds)`，随后进行方差模型估计和统计推断，获取差异sRNA结果：`results(dds)`或`results(dds,contrast=c(condition,differentiated,undifferentiated))`获取特定组间比较结果。

四、

GO富集分析是一种统计学方法，用于识别一组基因（在此例中为差异表达的miRNA靶基因）显著富集