2025年大学《生物信息学》专业题库—— 转录组测序技术的生物信息学应用.docxVIP

2025年大学《生物信息学》专业题库——转录组测序技术的生物信息学应用

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、选择题（每题2分，共20分。请将正确选项字母填入括号内）

1.与传统微阵列技术相比，RNA-Seq最主要的优势在于（）。

A.更高的灵敏度和动态范围

B.能检测所有蛋白质编码基因

C.无需依赖已知的基因组序列

D.更便宜且通量更高

2.在RNA-Seq数据预处理阶段，去除低质量读长和测序接头的主要目的是（）。

A.提高读长在参考基因组上的比对率

B.降低测序错误率，提高后续定量分析的准确性

C.增加有效数据量，提升实验通量

D.使数据更适合进行功能富集分析

3.下列哪种RNA-Seq实验设计最适合研究两种处理条件下基因表达的差异？（）

A.单细胞RNA-Seq

B.混合RNA-Seq

C.差异基因表达芯片

D.条件比较设计（如处理组vs对照组）

4.在将RNA-Seq读长比对到参考基因组时，采用“软比对”（Soft-clipping）主要允许（）。

A.读长完全不在基因组上

B.读长部分区域与基因组匹配，部分区域不匹配

C.读长覆盖基因组上的多个位置

D.读长与基因组存在大量插入和删除

5.适用于包含大量未比对读长（如rRNA去除后剩余）的RNA-Seq数据表达量定量的方法是（）。

A.featureCounts配合DESeq2

B.RSEM

C.Kallisto

D.Salmon

6.RNA-Seq表达量定量中，TPM（TranscriptsPerMillion）值的计算主要考虑了（）。

A.基因长度和测序深度

B.基因长度和样本总RNA量

C.每百万个碱基对中检测到的转录本数量

D.每百万个测序读长中检测到的转录本数量

7.在使用DESeq2进行差异表达分析时，其默认的分布假设是基于（）。

A.泊松分布

B.负二项分布

C.正态分布

D.二项分布

8.RNA-Seq数据分析中，为了减少技术噪音，常在文库构建阶段加入（）。

A.rRNA

B.PolyA选择

C.测序接头

D.PCR引物

9.评估RNA-Seq原始测序数据质量时，FastQC报告通常会报告多个指标，其中哪个指标反映了测序读长的平均质量？（）

A.GC含量

B.过滤统计（如低质量读长比例）

C.Q30碱基比例

D.接头序列匹配情况

10.进行RNA-Seq可变剪接分析时，需要关注的主要问题是（）。

A.基因表达水平的差异

B.基因启动子和终止子区域的序列变异

C.转录本结构的变化及其丰度

D.mRNA降解程度的差异

二、填空题（每空1分，共15分。请将答案填入横线内）

1.RNA-Seq技术通过高通量测序技术，直接测量生物样品中所有或______基因的转录本丰度。

2.RNA-Seq数据预处理的第一步通常是进行______，以评估原始测序数据的质量。

3.对于strand-specificRNA-Seq，在进行比对时，需要考虑读长上A/T和G/C碱基的______，以确定其转录方向。

4.差异表达分析中，FoldChange衡量的是两组间基因表达水平的______。

5.在进行RNA-Seq分析时，选择合适的参考基因组或转录本集至关重要，以确保______的准确性。

6.除了检测基因表达差异，RNA-Seq还可以用于研究______、可变剪接等转录本结构特征。

7.RNA-Seq实验设计应遵循______原则，以确保结果的可靠性和生物学意义。

8.常用的RNA-Seq差异表达分析工具包括DESeq2、______和edgeR。

9.为了消除测序深度和基因长度的影响，便于不同样本或基因间的表达量比较，常使用______或FPKM等标准化方法。

10.RNA-Seq分析流程中，比对是关键步骤，常用的比对工具有STAR和______。

三、简答题（每题5分，共20分）

1.简述RNA-Seq实验设计时，选择对照组应遵循的原则。

2.比较基于比对读长统计（如featureCounts）和基于模型的方法（如RSEM）进行RNA-Seq表达量定量的主要区别。

3.RNA-Seq数据中常见的技术噪音来