2025年大学《生物信息学》专业题库—— 生物信息学预测新型传染病爆发趋势.docxVIP

2025年大学《生物信息学》专业题库——生物信息学预测新型传染病爆发趋势

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

考生注意：请根据所学知识，在答题纸上作答。

1.简述高通量测序技术在病毒基因组快速测序中的应用流程及其优势。

2.描述SNP（单核苷酸多态性）和InDel（插入缺失）在追踪病毒传播路径和变异监测中的作用。

3.解释贝叶斯方法在构建病毒进化树时的基本原理，并简述其相较于传统距离法（如邻接法）的优势。

4.以SIR模型为例，说明其核心方程，并解释模型中各参数（S,E,I,R）和有效再生数Rt的生物学含义。

5.阐述如何利用基因组序列的变异信息（如SNP频率、遗传距离）来估计病毒的传播速率（R0或Rt）。

6.在生物信息学框架下，整合基因组数据、宿主反应数据和环境因素数据构建传染病传播预测模型时，可能面临的主要数据挑战有哪些？

7.描述机器学习中的随机森林算法在预测传染病爆发风险或传播热点时的基本工作原理，包括其如何处理高维数据和评估特征重要性。

8.解释交叉验证（如K折交叉验证）在构建和评估传染病预测模型（特别是机器学习模型）中的目的和重要性。

9.说明地理信息系统（GIS）在整合空间流行病学数据（如病例分布、迁徙流、环境参数）和生物信息学数据（如病毒地理型分布）进行传染病预测分析中的作用。

10.在利用生物信息学方法预测新型传染病爆发趋势的研究中，应考虑的主要伦理问题包括哪些方面？

11.设想一个场景：你需要利用公开的流感病毒基因组数据库和临床数据，构建一个预测未来流感季节流行株及其致病性的模型。请简述你将采用的主要生物信息学方法和步骤。

12.讨论将生物信息学预测模型应用于实际传染病防控决策时，模型的可解释性和泛化能力的重要性。

试卷答案

1.高通量测序技术通过并行化处理大量核酸片段，实现病毒基因组的快速、高通量测序。流程通常包括样本制备（核酸提取、文库构建）、上机测序（如Illumina平台生成大量短读长序列）和生物信息学分析（序列质控、拼接组装、注释）。其优势在于速度快、通量高、成本相对下降，能够为大规模病原体监测和快速响应提供数据支持。

2.SNP和InDel作为病毒基因组的变异形式，可以通过比较不同样本间的差异来追踪病毒的传播路径。通过构建包含多个样本序列的系统发育树或网络，分析变异的传播模式，可以识别出共同祖先、传播热点和可能的传播链，对于理解病毒的起源、传播动力学和变异特征至关重要。

3.贝叶斯方法在构建进化树时，通过结合先验信息（如物种关系假设、模型参数先验分布）和序列数据产生的似然函数，利用贝叶斯定理计算后验概率分布，从而得到包含概率信息的进化树。其优势在于能够融合多种信息源，对数据中的不确定性和模型假设进行量化，尤其在处理数据不完整或存在争议时，可能比基于距离的传统方法更稳健。

4.SIR模型的微分方程组通常表示为：dS/dt=-βSI/N,dE/dt=βSI/N-γE,dI/dt=γE-αI,dR/dt=αI，其中N=S+E+I为总人口。模型描述了易感者(S)、感染者(I)和康复者(R)三个群体之间的状态转换。参数β为传染率，γ为潜伏期到感染期的转换率，α为感染期到康复期的转换率。有效再生数Rt表示每个感染者平均在其感染期内能有效传染的新增感染者数量，Rt1表示疫情扩散，Rt1表示疫情衰退。

5.利用基因组序列变异信息估计传播速率，常用的方法是基于序列多样性或时间戳的模型。例如，通过比较不同时间点或地理位置样本的遗传距离（如基于SNP的TajimasD或θ），可以推断群体扩张速率。结合样本的采样时间信息，可以构建似然函数，估计传播速率R0或Rt。高变异率通常与高传播速率相关。

6.整合多源数据构建预测模型时面临的主要数据挑战包括：数据类型多样性与异构性（基因组、临床、环境数据格式、量纲、来源不同）；数据缺失与噪声（生物实验误差、数据收集不完整）；数据时空关联性处理（如何有效融合空间分布和时间序列信息）；特征选择与交互复杂性（从高维数据中识别关键预测因子及其相互作用困难）；模型可解释性与泛化能力保证（确保模型在真实复杂场景下的有效性和可靠性）。

7.随机森林算法是集成学习方法的一种，通过构建多棵决策树并进行集成来提高预测性能和鲁棒性。其原理包括：随机选择样本进行自助采样（BootstrapSampling）构建多棵决策树；每棵树在每个节点分裂时，从所有特征中随机选择一部分特征进行最优分裂点搜索。随机性降低了模型对噪声的敏感性，集成平均减弱了过拟合风险。特征重要性可以通过基尼不纯度减少或置换重要性等方法评估。

8.交叉验证是一种在模型训练和评