2025年大学《生物信息学》专业题库—— 生物信息学在基因表达影响剂选择研究中的应用.docxVIP

2025年大学《生物信息学》专业题库——生物信息学在基因表达影响剂选择研究中的应用

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、

简述基因表达影响剂选择研究在生物医药领域的意义。请列举至少三种常见的基因表达影响剂类型，并简要说明其作用机制或应用方向。

二、

假设你获得了一组实验数据，比较了某种候选药物处理组与溶剂对照组的基因表达谱（RNA-Seq数据）。请简述从原始测序数据到获得差异表达基因集的基本分析流程，并说明其中关键步骤的原理和注意事项。你需要提及数据预处理、差异表达检验和结果过滤等环节。

三、

在分析基因表达影响剂作用时，仅仅进行差异表达分析可能不够全面。请解释进行基因集富集分析（如GO或KEGG分析）的必要性和目的。假设分析结果显示，某药物处理后显著富集的GO术语主要涉及“细胞凋亡过程”和“DNA损伤反应”，请简要推测该药物可能的作用机制，并说明你将如何验证这些推测。

四、

描述在生物信息学研究中，如何利用公共数据库（如GEO）获取基因表达谱数据。请列举至少两个在影响剂研究中有潜在应用价值的公共数据库，并说明它们各自的主要内容和用途。

五、

比较R语言环境和Python环境在生物信息学数据处理和分析方面的各自优势。请分别列举一个你更倾向于使用R或Python进行的具体分析任务，并说明理由。

六、

某研究团队利用生物信息学方法分析发现，化合物X能够显著上调一系列与炎症反应相关的基因表达。请讨论在将化合物X作为潜在抗炎药物进行研究时，除了基因表达水平的变化，还需要关注哪些其他生物信息学或实验指标来评估其效果和安全性。

七、

假设你负责分析一组来自临床试验的基因表达数据，目的是寻找与药物响应相关的生物标志物。请简述除了差异表达分析之外，你可能还会采用哪些生物信息学方法或模型来识别潜在的药物响应生物标志物，并说明这些方法的原理和区别。

试卷答案

一、

基因表达影响剂选择研究对于发现新的药物靶点、理解疾病发生发展机制、开发个性化治疗方案具有重要意义。它能帮助研究者识别能够调节特定基因表达从而影响细胞功能或疾病状态的化合物或分子，为药物研发提供重要线索。常见的基因表达影响剂类型包括：

1.小分子抑制剂/激动剂：通过与靶蛋白结合，调节其活性或与DNA/RNA相互作用，从而影响基因表达过程。例如，kinase抑制剂。

2.核酸药物：如反义寡核苷酸（ASO）、小干扰RNA（siRNA）和核酸适配体（aptamer），它们能够特异性地靶向mRNA或基因，通过降解mRNA、抑制翻译或阻止基因转录来降低目标基因的表达。

3.基因编辑工具：如CRISPR-Cas系统，能够精确地修改基因序列，包括插入、删除或替换DNA片段，从而永久性地改变基因表达或功能。

二、

基本分析流程如下：

1.数据预处理：包括质量控制（QC），去除低质量读段（reads）；去除适配器序列、引物序列等非特异性序列；去除rRNA等内源性基因序列。常用的工具如Trimmomatic,Cutadapt。接着进行数据过滤，如去除接头序列、低质量读段等。最后进行数据归一化，消除不同样本间测序深度差异的影响，常用方法有TPM,FPKM等。

2.读段比对：将预处理后的读段比对到参考基因组或转录组上。常用工具如STAR,HISAT2。

3.定量表达：统计每个基因或转录本在各个样本中的读段数量或覆盖度，得到表达矩阵。常用工具如featureCounts,Salmon,HTSeq-count。

4.差异表达分析：使用统计学方法比较处理组与对照组之间的基因表达水平差异，识别显著差异表达的基因（DEGs）。常用的方法包括基于假设检验的t-test,ANOVA，以及基于计数数据的DESeq2,edgeR等富集算法。分析结果通常会得到差异倍数（FoldChange）和错误发现率（FDR）等统计量。

5.结果过滤与排序：根据设定的阈值（如FDR0.05,|FoldChange|2）过滤掉不显著的差异，并对结果进行排序，以便后续分析。

关键步骤原理与注意事项：

*QC：确保数据质量是后续分析准确性的基础。需要检查读段质量分布、比对率、物种污染等。注意事项包括严格过滤低质量读段，避免引入噪声。

*归一化：由于样本间测序深度不同，直接比较原始计数可能导致偏差。归一化使不同样本的表达量具有可比性。注意事项是选择合适的归一化方法，并考虑其适用范围。

*差异表达检验：目的是在统计学上判断处理组与对照组间基因表达差异是否显著，而非绝对差异大小。注意事项是选择合适的检验方法，理解其假设条件（如正态性、方差齐性），并合理设置显著性阈值（FDR）。

三、

进行基因集富集分析的