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艾草热休克蛋白基因家族鉴定
目录
文档概括．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3
1.1研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4
1.1.1热休克蛋白的通用生物学作用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5
1.1.2热休克蛋白在植物抗逆反应中的功能．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6
1.1.3艾草的经济及生态价值研究现状．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10
1.2国内外研究进展．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11
1.2.1植物热休克蛋白家族研究概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13
1.2.2特定植物热休克蛋白基因家族研究动态．．．．．．．．．．．．．．．．．．17
1.2.3艾草抗逆相关基因研究现状．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19
1.3本研究的目的及内容．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23
材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24
2.1实验材料与处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28
2.1.1艾草材料来源与生长条件．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31
2.1.2热应激处理方案设计．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35
2.1.3实验地点及条件控制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36
2.2总体研究技术路线．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37
2.3主要技术与实验方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．39
2.3.1基因组DNA提取与质量检测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41
2.3.2RNA提取、质量检测及基因组转录组数据获取．．．．．．．．．．．．．44
2.3.3热休克蛋白基因序列挖掘策略．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．46
2.3.4同源序列比对与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．47
2.3.5基因结构分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．48
2.3.6系统发育树构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．50
2.3.7转录表达式分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．53
2.3.8启动子序列分析与顺式作用元件预测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．55
结果与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．58
3.1艾草热休克蛋白基因家族基因挖掘．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．59
3.1.1艾草参考基因组及转录组数据基本信息．．．．．．．．．．．．．．．．．．61
3.1.2ErHSP基因的鉴定及其基本特征．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．63
3.1.3基因结构特征分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．64
3.2序列特征与系统发育关系．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．67
3.2.1ErHSP基因序列组成与理化性质分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．70
3.2.2全长蛋白序列功能域预测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．71
3.2.3基于核苷酸及氨基酸序列的系统发育关系探讨．．．．．．．．．．．．73
3.3ErHSP基因家族成员的组织与器官表达模式．．．．．．．．．．．．．．．．．74
3.3.1各基因相对转录丰度分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．78
3.3.2ErHSP基因家族成员在不同组织中的表达格局．．．．．．．．．．．．．80
3.3.3ErHSP基因家族成员在特定器官的表达分布．．．．．．．．．．．．．．．83
3.4ErHSP基因家族成员的启动子顺式作用元件分析．．．．．．．．．．．．．85
3.4.1启动子序列提取与预测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．86
3.4.2与
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