2025年大学《整合科学》专业题库—— 生物信息学在生物制药研发中的应用.docxVIP

2025年大学《整合科学》专业题库——生物信息学在生物制药研发中的应用

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、

简述生物信息学在生物制药研发中发挥的关键作用。请至少从靶点发现、药物设计、生产优化等三个方面进行阐述。

二、

解释什么是“整合生物信息学”，并举例说明其在整合分析多组学数据（如基因组、转录组、蛋白质组）以揭示复杂生物现象或支持药物研发决策中的应用。

三、

描述利用生物信息学方法进行药物靶点验证的主要策略，并比较其中一种策略（如基于结构的验证、基于功能的验证）的优势与局限性。

四、

简述基于结构的药物设计（SBDD）的基本流程。请说明在流程中涉及的关键生物信息学技术或工具，并解释选择特定技术或工具的理由。

五、

什么是虚拟筛选？请说明其基本原理，并列举至少两种常用的虚拟筛选方法，比较它们的原理和适用场景。

六、

生物信息学方法在预测药物分子的ADMET属性方面有哪些应用？请分别举例说明利用计算模型预测吸收、代谢和毒性等属性的方法。

七、

以一个具体的疾病（如癌症、感染性疾病）为例，设想一个利用整合生物信息学方法进行新药研发的初步框架。请描述你将如何运用多种生物信息学技术（涵盖靶点发现、药物设计、生物标志物识别等环节）来指导研发过程，并说明整合不同来源数据的关键步骤。

八、

在生物制药研发领域，机器学习和人工智能技术正得到越来越广泛的应用。请列举至少三个应用场景，并简述这些技术如何帮助解决研发中的挑战。

试卷答案

一、

生物信息学通过提供强大的数据分析和计算工具，在生物制药研发中发挥着不可或缺的作用。在靶点发现方面，它能够处理海量基因组、转录组数据，识别与疾病相关的基因变异或表达模式，从而筛选和验证潜在的药物靶点。例如，通过蛋白质组学数据和蛋白质相互作用网络分析，可以定位关键信号通路中的潜在干预点。在药物设计方面，生物信息学支持基于结构的药物设计（SBDD）和基于规则的药物设计（RBDD），利用分子对接、虚拟筛选等技术，预测和优化药物分子与靶点蛋白的结合能力，加速先导化合物的发现。在生产优化方面，生物信息学可用于基因工程优化（如设计更高效的重组蛋白表达菌株）、发酵过程参数预测与调控，提高生物制品（如疫苗、单克隆抗体）的生产效率和成本效益。此外，它还在药物作用机制研究、药物不良反应预测、临床试验设计和生物标志物发现等环节发挥重要作用，极大地提高了生物制药研发的效率、精准度和成功率。

二、

整合生物信息学是指综合运用多种生物信息学方法、分析工具和数据源，对复杂的生物系统进行系统性研究，以获得单一方法无法提供的深入见解。其核心在于打破数据孤岛，通过跨数据类型、跨物种、跨实验平台的整合分析，揭示隐藏的生物学规律。例如，在药物研发中，整合分析基因组测序数据、基因表达谱数据（RNA-Seq）、蛋白质组数据以及临床试验数据，可以更全面地理解疾病的分子机制，识别潜在的药物靶点及其调控网络，预测药物疗效和不良反应。具体应用如：通过整合分析肿瘤患者的多组学数据，构建肿瘤异质性模型，指导个性化用药策略的制定；整合药物靶点、已知药物结构及药物作用通路数据，利用机器学习模型预测新药的潜在疗效和毒副作用，辅助药物设计和优化决策。

三、

利用生物信息学方法进行药物靶点验证的主要策略包括：1）结构生物学方法验证：通过生物信息学预测靶点蛋白的三维结构，利用分子对接等技术评估候选药物分子的结合模式和亲和力，并将预测结果与实验结构生物学数据（如X射线晶体结构、核磁共振结构）进行比较验证。2）功能基因组学方法验证：利用生物信息学分析基因敲除/敲入实验数据、CRISPR筛选数据或基因表达调控数据，评估靶点基因的功能缺失或过表达对细胞表型、疾病模型的影响。3）蛋白质组学方法验证：通过生物信息学分析蛋白质芯片数据、质谱数据，评估靶点蛋白的表达模式、修饰状态或与其他蛋白的相互作用变化。4）系统生物学方法验证：通过生物信息学构建和分析蛋白质相互作用网络、信号通路网络，评估靶点在网络中的位置和功能重要性。其中，基于结构的验证优势在于能够直观地评估药物与靶点的结合机制，指导药物结构优化；但其局限性在于依赖高质量的靶点结构信息，且不能完全反映蛋白质在细胞内的动态功能和环境效应。

四、

基于结构的药物设计（SBDD）的基本流程通常包括：1）获取靶点蛋白的高分辨率三维结构：通常来源于实验测定（如X射线晶体学、核磁共振）或通过同源建模方法预测。2）靶点结构解析与验证：利用生物信息学工具分析蛋白质结构特征，如活性位点、结合口袋的形状和化学性质、构象变化等。3）虚拟筛选/先导化合物设计：基于靶点结构，利用分子对接、片段对接、基于知识的药物设计等方法，设计或筛选具有潜在结合活性的化合物。4）分子优化：对虚拟筛选得到的候选分子或初步设计的先