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基于GNN跨图消息传递机制的蛋白质相互作用预测系统构建方案1

基于GNN跨图消息传递机制的蛋白质相互作用预测系统

构建方案

1.项目背景与需求分析

1.1蛋白质相互作用研究的重要性

蛋白质是生命活动的主要承担者，蛋白质相互作用（PPI）在细胞内各种生物过程

中发挥着关键作用，如信号转导、基因表达调控、细胞周期控制等。准确预测蛋白质相

互作用对于理解生物系统的功能、揭示疾病发生机制以及药物研发具有重要意义。例

如，在癌症研究中，通过分析肿瘤细胞中异常的蛋白质相互作用网络，可以发现潜在的

治疗靶点。据统计，超过60%的人类疾病与蛋白质相互作用失调有关，这凸显了对蛋

白质相互作用进行深入研究的紧迫性。

1.2现有预测方法的局限性

传统的蛋白质相互作用预测方法主要依赖于实验技术，如酵母双杂交、共免疫沉淀

等。然而，这些实验方法存在耗时长、成本高、假阳性率和假阴性率较高等问题。近年

来，基于计算的方法逐渐兴起，如基于序列相似性、结构相似性或机器学习的方法。但

这些方法也有各自的局限性。例如，基于序列相似性的方法对于序列差异较大的蛋白质

预测效果不佳；基于结构的方法需要已知的蛋白质三维结构，而目前只有少数蛋白质的

结构被解析；传统的机器学习方法在处理高维度、复杂的生物数据时容易出现过拟合或

欠拟合现象，且难以有效利用图结构数据中的拓扑信息。这些局限性限制了蛋白质相互

作用预测的准确性和效率。

1.3GNN跨图消息传递机制的优势

图神经网络（GNN）是一种强大的深度学习模型，能够有效处理图结构数据。在蛋

白质相互作用预测中，蛋白质可以被表示为节点，相互作用关系可以被表示为边，形成

蛋白质相互作用网络图。GNN通过学习节点的嵌入表示，能够捕捉节点间的复杂拓扑

关系，从而提高预测的准确性。跨图消息传递机制进一步增强了GNN的能力，它允许

在多个图之间传递信息，例如在不同物种的蛋白质相互作用网络之间或不同类型的生

物网络之间进行信息共享。这种机制可以利用跨图的相似性和互补性，提高对未知相互

作用的预测能力。研究表明，采用跨图消息传递机制的GNN模型在蛋白质相互作用预

测任务上，相比传统的单一图模型，准确率可以提高10%-20%，并且能够更好地处理

稀疏数据和噪声数据，展现出良好的鲁棒性。

2.系统总体架构设计2

2.系统总体架构设计

2.1架构层次划分

基于GNN跨图消息传递机制的蛋白质相互作用预测系统采用分层架构设计，主要

分为数据层、模型层、应用层和用户交互层。

•数据层：负责存储蛋白质序列数据、已知蛋白质相互作用数据、不同物种的蛋白

质相互作用网络图数据等。数据来源包括公共生物数据库如UniProt、STRING

等，以及实验数据。数据层还需对数据进行预处理，包括数据清洗、格式化、图的

构建等操作。例如，从UniProt获取的蛋白质序列数据需要去除重复和错误数据，

然后根据一定的规则构建蛋白质相互作用网络图，图中的节点表示蛋白质，边表

示蛋白质之间的相互作用关系。

•模型层：是系统的核心，包含GNN模型和跨图消息传递模块。GNN模型用于学

习蛋白质相互作用网络图中节点的嵌入表示，捕捉节点间的拓扑关系。跨图消息

传递模块则负责在不同图之间传递信息，实现跨图的知识共享。模型层通过训练

和优化，提高蛋白质相互作用预测的准确性。例如，采用GraphSAGE等GNN模

型架构，结合跨图消息传递机制，能够有效处理大规模蛋白质相互作用网络图数

据，提高预测性能。

•应用层：将模型层的预测结果转化为实际应用功能。例如，提供蛋白质相互作用预

测服务，用户输入蛋白质序列或蛋白质名称，系统返回预测的相互作用关系；支

持疾病相关蛋白质相互作用网络的分析，帮助研究人员发现潜在的疾病靶点；还

可以与药物研发平台集成，为药物设计提供蛋白质相互作用信息支持。

•用户交互层：为用户提供友好的交互界面，包括Web界面和API接口。用户可以