微生物进化、系统发育及分类鉴定2.ppt

第十三章微生物的进化、系统发育和分类鉴定 第一节 进化的测量指征 第二节 微生物的分类 第三节 微生物的分类鉴定特征和技术 第四节 微生物的快速鉴定和自动化分析技术 第一节 进化的测量指征 20 世纪 70 年代以前：形态结构、生理生化、行为习性、化石资料。 微生物：形体微小、结构简单、缺有性繁殖、化石资料少。 20 世纪 70 年代以来的新课题：寻找新的进化指征…… 一、 进化指征的选择 生物大分子序列进化特点：进化速率相对恒定 ——分子计时器、进化钟 进化指征——生物大分子序列同源性 选择要求： 普遍存在于所研究的各个生物类群中； 选择在各种生物中功能同源的大分子——相同进化来源； 序列线性排列，方便分析比较； 根据生物间进化距离选择不同进化速率的分子序列。 二、 rRNA 作为进化的指征 16S rRNA/18S rRNA是最适合的进化指征之一； 参与蛋白质合成，功能必不可少且保持不变； 存在高度保守、中度保守和高度变化的序列区域； 相对分子量大小适中，足够的信息量，1.5kb 普遍存在于真核、原核生物中 ——古细菌的发现（ 20世纪70年代，美国学者 Woese） 三、 16S rRNA序列分析与系统发育树（phylogenetic tree） 系统发育分析：提取基因组→得到16S rRNA→测序→序列比对→构建系统发育树 系统发育树：概括各种生物间亲缘关系的树状分枝图。分为：无根树和有根树。 第二节 微生物的分类 微生物分类学（microbialtaxonomy）：研究微生物分类理论和技术方法的学科。 涉及三个任务：分类、命名和鉴定； 此三部分相互依存又有区别； 分类（classification）：是根据一定的原则对微生物进行分群归类，根据相似性或相关性水平排列成系统，并对各个分类群的特征进行描述，以便查考和对未被分类的微生物进行鉴定； 命名（nomenclature）：是根据命名法规，给每一个分类群一个专有的名称； 鉴定（identification or determination）：是指借助于现有的微生物分类系统，通过特征测定，确定未知的、新发现的或未明确分类地位的微生物所应归属分类群的过程。 一、通用分类单元 种以上的系统分类单元 界 Kingdom 门 Phylum（或Division）——亚门 纲 Class ——亚纲 ——超目 目 Order ——亚目 科 Family ——亚科 ——族 ——亚族 属 Genus 种 Species 种以下的分类单元 种是一个基本分类单位，是一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其接近、与同属内其他种有明显差异的菌株的总称。 一个种只能用一个典型菌株作为标本——模式种。 亚种（subspeciers）：种的进一步细分，一般指某一个特征上与模式种有明显而稳定差别的菌种而又不足以区分成新种，分成的更小的分类单元。 与模式种不同的种常在种名、署名的加词后写上subsp. ，然后再写具体亚种的加词； 一些非正式的类群术语 变种（variety）：——与亚种同义，现已不用。 型（form）：使用中用型作为后缀；表示细菌菌株，现已作废； 类群（group）：没有分类地位非正式地指定一组具有某些共同性状的生物； 培养物（culture）：指一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长物；单一微生物细胞繁殖产生的称为纯培养物（pure culture） 菌株（strain）：表示任何由一个独立分离的单细胞繁殖而成的纯种群体极其一切后代；实际上是一个微生物达到遗传性纯的标志。 相（phase）：自然界存在的微生物交互变异的一定阶段； 态（state）：通常指微生物的菌落变异状态。 二、微生物的命名 命名（nomenclature）：是根据命名法规，给每一个分类群一个专有的名称； 每一种微生物都有自己的名字，包括俗名和学名两种。 （一）俗名普通的、通俗的、地区性的名字，具有简明和大众化的优点，但往往涵义不够确切，易于重复，使用范围局限，不利于国际交流。 例如： “结核杆菌”——Mycobacterium tuberculosis（结核分枝杆菌） “绿脓杆菌”——Pseudomonas aeruginosa（铜绿假单胞菌）； “白色念珠菌”——Candida albicans（白色假丝酵母）； “金葡菌”——Staphylococcus aureus（金黄色葡萄球菌）； “丙丁菌”——Clostridiu