PCR引物设计及软件使用技巧.pdf

生 物 信 息 学 @*C]0G’C-0R4*0*CR0’)D*EI 研 究论文 !#引 物 设 计 及 软 件 使 用 技 巧 张新宇，高燕宁! （中国协和医科大学中国医学科学院肿瘤研究所，北京 $%%%$） 摘要：介绍了使用软件设计 !#引物的技巧。在 !#引物设计原则的基础上，详细介绍了两种常用引物设计软件的基本 使用 方法，并对其各 自的优缺点进行了比较 。一般性引物 自动搜索可采用“!’()*(’!’*)(’+”软件，而引物的评价分析则可采用“,-*. /01”软件 。 关键词： ；引物设计；软件 !# 中图分类号：2+3文献标识码：4文章编 号：$156++1+（%%3）6%36%%$+6%3 !#$%’()*+,-.$-%/0123’14(#)-.$-)-$.$-+ JKLMNO*C6G，NL,PC6C*C/ （ ， ， ， ， ） !#$%’#()*)+)%!,*#%(%-$.%/0123%.*$45$*%#$%(6%*7*#89:::;9!,*# ： 56%0-4709@(IQ*--0R!#S’*)(’T(I*/CU*D@I0RDU’(*I*CD’0TGE(T*CD@*ISS(’B4I(T0CD@(S’*CE*S-(0R!#6 ， ， ， S’*)(’T(I*/CD@(GI/(0RDU0Q*CTI0RS0SG-’S’*)(’6T(I*/CI0RDU’(UI’(V*(U(TT(D*-(T-*CE-GT*C/D@(*’)(’*D T()(’*DCTGI/(IQ*--IBWD*I’(E0))(CT(TD0GI(!’()*(’!’*)(’+R0’D@(GIG-GD0)D*ES’*)(’II(’E@，HGD,-*/01 S’*)(’IC-I*IB ： ； ； ； 8$9/-#%!#S’*)(’T(I*/CGI/(IQ*--I0RDU’( 自从 $8:+年 X’CYG--*I发 明了聚合酶链式反应 具体实现 这 7条基 本原则需 要考虑 到诸 多因 （ ）以来， 技术 已成为分子生物学研 究中使用 素，如 引物 长 度 （ ），产物 长 度 （ !#!# S’*)(’-(C/D@S’0TGED ［$］ 最多、最广泛的手段之一 ，而引物设计是 技术 ），序列 值（ ），引物与模板 !#-(C/D@9))(-D*C/D()S(’DG’( 中至关重要的一环。使用不合适 的 引物容易导 形成双链 的内部稳定性（ ，用 值反 !# *CD(’C-IDH*-*DN ! 致实验失败 ：表现为扩增 出 目的带之外的多条带（如 映），形成 引物二聚体（ ）及发夹结构（ S’*)(’T*)(’TG. 形成引物二聚体带 ），不出带或出带很弱，等等。 ）的能 值，在错配 位 点（ S-(=R0’)D*0CCT@*’S*CR-I( 现在 引物设计大都通过计算机软件进行。 ）的 引发效 率 ，引物 及 产物 的 含 量 !# S’*)*C/I*D( N