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麓用^BEEM／心模型研究二肤构鼠的性质 应用ABEEM／MM模型研究二肽构象的性质 磺究生：卢嚣男 指导教师：杨忠志 学科专业：物理化学 中文摘要： 多敬分子在许多生魏过程审帮超着重要麓{乍蠲，它酶气态蕈拜在溶液中的瓣象一矗莛 人们要探究的关键问题之一。通过删R等实验手段能够为我们提供某些相关的信息，但 并不足以满足我们的需求。计算化学的模拟已经戒为～个重要的工其，箕模拟的结果狠 人群度J二取决。r所采用的分子力场的优劣。目前广泛使用的力场都存在薅一个重要的缺 陷，在模拟中忽昭了体系的静电极化和电子转移。另外，应该加入化学键、孤对电子和 露电子区壤来受烟准确鲍诗算静电势能，露不是只袋鼹骧孑中心垮电棼。因戴许多科 学家在v=1；断努力探索和发展新的分子力场，米有效合理的计算体系随环境变化而引起的 静电掇纯。依据电受瞧均黉磊瑾，垂杨等人建立静灏予一链毫受往均簿方法，麓良计算 有机火分子和生物分子的电荷分布，近年来引人关注。该模型符合极化力场的要求，杨 等大据既建立了应用于模拙蛋自袋体系的浮动电荷力缅(原予一键电负豫均衡方法与力 场相绻台模型)，即ABEEM，MM分子力场。本文利用从头计算 子的稳定橡象的投质进弦了研究，其结果表明我{fl模攀诗算的续果可以靼从头诗舞据蕊 荚。以上研究有助于加深对二肽构象性质的了解，从而也为进一步验证了ABEEM／眦蛋 爨矮力场模型戆夔确性戳敷参数的合理淫提供了霹靠绞攥。 芙键词：分子力场ABEEM／糯蛋鑫缓力场模型孰头诗算二麓构象 应用ABEEM／MM模穗!研完二肽构象的性质 1．研究背景 蘸子一键魄爱注均鬻模型(ABEEM)燕鞋密度泛垂毽浚帮电受馈均餐鼹裴”‘为摹秘 发展起来的处理有机大分子体系的一种计算方法。目前，原子一键电负性均衡模型在处 理有机大分子体系静电荷分布、体系的蕊缒蠢：罄及对穗关拣餍静瓣释上绘宙了狠好豹臻 果，避年来引人关注。该模型能够准确的描述分子在环境变化时的静电极化，檐合极化 力场的发展爱裳，Yang等人据此建立了廊用丁模拙爱臼质体系韵浮动电荷力场(原子一 键电负性均衡方法与力场相结合模型)，掣ABEEWMM模型。该模型已经鹿崩到了烷烃等 构象的研究，取得了比较满意的结果“1。我所从事的研究上作是，利用从头计算方法和 ABEEivI／MM援鑫曩力辑模型，麓六手孛一-默分子不藏稳定擒蒙戆牲矮送行了醒究，最终 使我们ABEEM／枞蛋白质力场模型的参数鼹加细化和精化。 2．理论背景 21分子力学概述 分子力学方法f3】(MolecularMechanics，MM)起源予1970年左右，是簌据经典力 学(ClassicalMechanics)的分子力场(ForceField)计算方法。分子力学的建立基于两 条撩率近觳：第一，Bona．Oppenheimer近钕。壶予缀成分子俸系豹髹予核静援蓬跑电子 火10“一10。倍，冈而住分子中的电子运动速度将比原子核快得多，对丁原子核位置的任 何变化，迅速运动的电子都能立泖进行调藏，建立起与变纯硒的核力弱相应的运动状态。 从而，一方面可以把对原子和分子运动的数学描述同对电子结构及其运动的描述分离开 来；另一方面，在分子内，源下分子电予结构变化的物理相互作用(如核与电子，电予 同电子相互作捌)都可以瘸锿靠予缀成分子鲍腰子坐拣的爨数米描述。第二，体系中凝 子和分子的运动服从经典力学。也就是说，粒子的任何能级光谱都魁琏续的，而不是分 立静；缓定原子鞍分子躲运袭足够捷，献露霹戳忽路任何量子影薅。试为俸系辩运磅殿 电子豹运动，将系统酶能量视为鞭子核髓麓的蘑数。分子力场中有许多参数，这些参数 应用ABEEM／MM模型研究二肽构象的性质 司由量子力学方法或实验方法得到。利用分子力学方法可以计算庞大和复杂分子的稳定 构象、热力学、动力学性质及振动光谱等。与量子力学相比较，分子力学方法要简单得 多，而且往往能够快速得到分子的各种性质。某些情形下，由分子力学方法所得到结果 几乎与高水平量子力学方法所得的结果一致，但其所需要的计算时间却远远小于量子力 学的计算时间。目前分子力学方法常被应用丁药物、团簇体系和生物人分子等体系的研 究。 2．2分子力场作用项的一般形式 基于分子力学的基本近似，只要某一势能函数能够很好的描述体系内的各种相互作 用