水稻胚乳特异性表达基因的鉴别及应用性探索.pdfVIP

摘要 本论文研究对象为水稻胚乳文库及其生物信息数据库和从嘉兴市农科院及四川省农科 院生物技术核技术研究所采集的966个不同水稻品种胚乳总RNA。 为探索水稻胚乳中特异表达基因，我们将水稻胚乳EST经BLASTN比对分析，获576 个有功能注释的基因。统计结果显示，贮藏蛋白以及相应的核糖体蛋白，起始因子，延伸因 子以及转录因子等基因高丰度表达。 为进一步确认这些胚乳特异表达基因，我们将来自水稻胚乳文库的2013个TUT制作 cDNA阵列。以水稻花期和花后10．15天的胚乳，胚，穗，叶片，茎节间等总R．NA为探针 与其杂交。利用贝叶氏T检验，对这些基因的表达谱进行分析，检测胚乳与其他水稻组织 的差异表达基因。以期揭示灌浆期胚乳特异表达基因。设定Bayesianp-value为0．05对所有 探针杂交结果进行差异分析，检测到230个nJlr具有显著差异，其中129个基因在胚乳中 明显下调表达。101个TUT在胚乳中高表达，包括75个具有功能注释。这些基因大部分编 码或者参与编码贮藏蛋白和淀粉。29个TUT编码贮藏蛋白，4个n丌参与淀粉合成。而贮 藏蛋白主要包括谷蛋白，醇溶谷蛋白和过敏性蛋白等；淀粉合成包括直链淀粉和支链淀粉的 合成。另外还有*淀粉酶，光诱导蛋白，光受体，转录因子以及一些信号传递物质等基因 表达量也很高。在显著表达的101个基因中有26个是未知基因，占有较大的比例。随后的 Northern印迹结果验证了cDNA微阵列的准确性。同时我们证实。谷蛋白、醇溶谷蛋白、脂 类转运蛋白、可溶性淀粉合成酶II．3、18kDa油体蛋白、n-淀粉酶等基因为胚乳特异表达基 因。另外发现Rbet基因有一较大转录本在水稻胚乳中特异表达。 为检测不同水稻样本中Wx基因表达差异，我们将966个水稻品种总RNA制作微阵列， 以脓基因为探针，进行杂交实验。结果表明该基因表达丰度在总体上与水稻胚乳AC呈正 相关。对两个转录本RNA微阵列的杂交结果经贝叶氏T检验分析表达差异显著性，发现fold 与AC之间呈正相关，该值的转折点处，的水稻品种米质较好。另外发现非成熟转录本也存 在于AC较高的水稻品种(AC大于20％)中。 其他的淀粉分支酶RBEf、ADP葡萄糖焦磷酸化酶和可溶性淀粉合成酶Ⅱ．3等淀粉合成 关键基因以及其他19个水稻胚乳特异表达的基因，束发现与直链淀粉含量之间有直接的关 系。 利用RNA微阵列对水稻胚乳贮藏蛋白，淀粉合成相关的基因．脂类基因等19个基因 GIuA组中与GIuA一3表达一致的基因。 性蛋白(克隆ID：H097G05)具有相似的表达调控机制。而H051G06与10kDa油体蛋白(克 kDa醇溶谷蛋白(克隆ID：H110F01)，该未知基因与胚乳贮藏物质基因共调控表达，而且 Northern印迹实验证实其在胚乳中特异表达，推测H051G06可能参与胚乳贮藏物质的积累。 制作RNA微阵列的966个水稻品种多为育种材料，如在嘉兴早稻杂交一代的ZRF6样 本中，醇溶谷蛋白，谷蛋白以及参与淀粉合成的基因等都具有表达量近远高于其他的杂交一 代的特点。这可为以后F2代的选育提供参考。本研究所检测基因的表达谱可以应用于选育 优良品种，优化选择。 关键词：水稻胚乳，特异表达基因，cDNA阵列，RNA阵列，表达差异性 n Abstract Inthe rice bioinformaticsdatabaseand966different study,riceendospermlibrary,its total RNAfrom of SciencesandInstituteof endosperm AcademyAgricultural Jiaxing and used． Nuclear Biotechnology