基于GO的酵母膜系统蛋白相互作用规律研究.pdfVIP

2010年 1月 内蒙古大学学报 (自然科学版) Jan． 2010 第 41卷第1期 JournalofInnerMongoliaUniversity VO1．41 No．1 文 章编号 ：1O0O一1638(2010)01—0085—06 基于GO的酵母膜系统蛋 白相互作用规律研究 蔡 禄 “，裴智勇 ，季 风 ，江 威 (1．内蒙古科技大学数理与生物工程学院，内蒙古 包头 014010； 2．内蒙古科技大学生物工程与技术研究所 ，内蒙古 包头 014010) 摘要 ：引进描述蛋白质相互作用倾向性参数(PIRB)，基于GO(GeneOntology)和相关的数据 库中蛋 白质功能注释 ，对酿酒酵母部分膜蛋 白相互作用规律进行 了研究，构建 了基于PIRB的 蛋 白质相互作用网络图．结果表 明各类膜蛋白质之间的相互作用具有明显的偏 向性．对这种偏 向性的生物学含义作了简要探讨． 关键词 ：蛋白质相互作用；基因本体；相对倾向性因子；膜蛋白；酿酒酵母 中图分类号：Q61 文献标志码 ：A 基因组计划使大量的新基 因不断被发现 ，然而单纯 的基因组DNA序列信息尚不能彻底解答全部 生命问题．生物体 内各种生命信息由不同的基因经转录、转译传递到相应的蛋白质上，并使其具有各 自的生化特性及生物学活性．但每个蛋白质并不是独立地在细胞 中完成被赋予的功能，它们在细胞 中 通常与其他蛋 白质相互作用形成大的复合体 ，在特定的时间和空间内完成特定的功能．有些蛋 白质的 功能只有在复合体形成后才能发挥出来 ，如依赖 于构象变化或翻译后修饰的蛋 白质功能n；另一方 面，某些蛋 白质可能参与了不止一个的复合体 ，简单 的两两相互作用研究就不足以阐明这种更为复杂 的相互作用．因此 ，大规模、高通量的蛋白质相互作用研究应运而生．其 目的是在细胞的特定生理条件 下，从一个蛋 白到多个蛋白，从一个复合体到多个复合体 ，进而描绘 出整个蛋 白质组中蛋 白间相互作 用的网络图．基于这些作用关系，人们才可能研究细胞中某一生理活动 中所有相关蛋 白质的变化及作 用机制。．在所有生命活动中，蛋 白质之间的相互作用是必不可少的，它是细胞进行一切代谢活动的 基础．了解蛋 白质相互作用的方式、作用强度将有助于蛋 白质功能的分析、生命发育的探索、疑难病理 的研究、有效药物 的开发等众多 问题 的解决．已有工作者用实验方法构建 了包括酵母、幽 门螺杆菌、 E．coli、线虫、果蝇及人的蛋白质相互作用的网络0。。．目前 ，蛋 白质相互作用 的研究方法可 以大致分 为实验和理论两种．随着蛋白质相互作数据的迅速增长和计算机技术的飞速发展 ，蛋白质相互作用的 理论研究成为一重要趋势．人们发展 了包括基因融合法n 、基因近邻或基因共存法n¨、形态发生轮廓 法0等预测蛋白质相互作用的理论方法．研究蛋白质相互作用强度或倾 向性的工作相对较少 ，本文 引进 了描述蛋白质相互作用倾向性参数 (PIRB)，基于GO(GeneOntology)。。和相关 的数据库中蛋白 质功能注释，对酿酒酵母部分膜蛋 白相互作用规律进行了研究． 1 材料及方法 1．1 基因本体数据库 (GO) GO(基因本体)数据库提供一个可控制词汇表，描述各种生物体 中基因及基因产物属性 ，满足不 同数据库中描述基因产物的一致性．本体论是一个相关词汇之间的规格说 明．换句话说 ，本体论是确 - 收稿 日期 ：2008一10—31 基金项 目：国家 自然科学基金资助项 目(6O761OO1) 作者简介 ：蔡禄 (1964一)，男 ，内蒙古呼和浩特人 ，教授 ，博士． 86 内蒙古大学学报 (自然科学版) 定条 目的集合 ，就像辞典中的分类条 目，但这些条 目是以一个个的层次关系给出的．这些 已给出的词 汇条 目一般是限定于用在特定位点或结构域．GO数据库开发了三个结构层次的可控制词汇表 (本体 论)，在其条 目中描述了具有种属独立性意义的，关于生物过程、细胞组分、分子功能三方面的基 因产 物．一个基因产物 ，可以关联或定位于一个或多个细胞组分；可以在一个或多个生物过程中起作用 ；还 可以在这些