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生物信息学在丙型肝炎病毒基因上的研究进展 赵磊 廖志勇 （温州大学生命与环境科学学院，07生物技术二班） 摘要：利用生物信息学相关软件（NCBI、EMBL、DDBJ 及dbEST、SWISS - PROT、PDB 、PIR 、TREMBL 和OWL）The research progress of Bioinformatics in Hepatitis C Virus genes ZHAO LEI LIAO ZY (The life and environment science academy in Wenzhou university) Abstract: using bioinformatics related software (NCBI, DDBJ and dbEST EMBL, SWISS - PROT, and TREMBL PDB and PIR, and OWL) to study the hepatitis c virus gene, so as to achieve the purpose of the treatment of hepatitis c virus an irresistible trend. This paper hepatitis c virus gene types, bioinformatics in hepatitis c virus genes on various applications are reviewed, thus guidance about hepatitis c virus genes. Keywords：Bioinformatics; Hepatitis C virus 前言 生物信息学(bioinformatics) 是20 世纪80 年代未随着人类基因组计划(Human genome project) 的启动而兴起的一门新的交叉学科。基因组信息是生物信息中最基本的表达形式,基因组信息量在生物信息量中占有极大的比重。但是,生物信息并不仅限于基因组信息,生物信息学也不等同于基因组信息学。广义地说,生物信息不仅包括基因组信息,如基因的DNA 序列,染色体定位,也包括基因产物(蛋白质或RNA) 的结构和功能及各生物种间的进化关系等其他信息资源。 生物信息学既涉及基因组信息的获取、处理、储存、传递、分析和解释;又涉及蛋白质组信息学如蛋白质的序列、结构、功能及定位分类,蛋白质连锁图、数据库的建立,相关分析软件的开发和应用等方面；还涉及基因与蛋白质的关系如蛋白质编码基因的识别及算法研究,蛋白质结构、功能预测等。它综合运用数学、计算机科学和生物学的各种工具进行研究,目的在于了解大量的生物学意义[1,2]。 丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus, HCV )感染呈全球分布，全世界人群HCV 感染率为3.0%(0.1%-10%)。在中国HCV 的感染率为3.2% ,约3800万。近年来，中国丙型肝炎的诊断率在不断的提高，丙型肝炎新报告病例也不断增加。利用生物信息学相关软件（NCBI、EMBL、DDBJ 及dbEST、SWISS - PROT、PDB 、PIR 、TREMBL 和OWLviral hepatitis C) 是含外膜蛋白的单股正链RNA病毒, 属黄病毒科肝炎病毒类，其是一种主要经血液传播、由丙型肝炎病毒( hepatitis C virus , HCV)引起的肝脏急、慢性炎症的传染性疾病,不同性别、年龄、种族、民族的人均是丙型肝炎病毒易感人群,成人丙型肝炎感染率高于儿童,而且丙型肝炎病毒感染后,易转化为慢性肝炎、肝硬化和肝癌[3]。 丙型肝炎病毒基因易变异, 含有大约9400 个核苷酸,在3末端有一个“多肽A 尾巴”,核酸序列包含有由341个碱基组成的5非翻译区, 一个含3011个氨基酸的多肽蛋白的巨大的开放读码框架(Open reading frame,ORF) 和由约27个碱基组成的3非翻译区。据推测,三种N-末端HCV蛋白(C1E1和E2/NS2NS2、NS3、NS4和NS5ORF)的长度存在着特异性的差别,HCV-1型中ORF长度约9400个核苷酸,HCV-2型中ORF长度是9099个核苷酸,HCV-3型长度是9063个核苷酸[4]。 丙型肝炎基因型有明显的地域性,不同国家和地区HCV 基因型不一样,以Simmonds 分型方法可将丙型肝炎病毒分为6个基因型和11个亚基因型。欧美国家主要以Ⅰ型为主,北美洲70 %以上的丙型肝炎病毒的基因为Ⅰa型和Ⅰb型。我国内地HCV 基因型也主要是Ⅱ型,另有Ⅲ型和它们的混合型。以往的研究表明,HCV基因型在我国的分布,南方地区以Ⅰb型为主,北方地区以Ⅰb 和Ⅱa 型为主。谢尧等对我国南北地区