Lammps在Ubuntu下的安装.docVIP

我的系统是在windows下的虚拟ubuntu9.10，lammps版本是LAMMPS (6 Mar 2010)，说明下7 July 2009的安装方法和这个是一样的。A.安装lammps (我的文件夹名字是lmp)1.下载和解压，安装附件，这个比较简单，论坛里很多高人都讲了很多，我就不多说了。2.cd lmp/src/STUBS3.make clean4.make(到STUBS下看看是否生产了lmpi.a)5.cd lmp/src6.make clean-all7.make serial （成功的话会生成lmp_serial,在src目录下输入./lmp_serial,你会看到当前lammps的版本）B.测试以及安装xmovie 在安装其他package之前，你可以先测试下刚安装好的lammps，由于lammps默认只安装了3个packages，所以很多例子是不能跑的，我们可以先跑下crack。步骤如下：1.cd lmp/examples/crack2.../../src/lmp_seralin.crack（很多人会把lmp_serial拷贝到examples文件夹下，然后跑例子，我是没有拷贝，前面的../../是指与examples相同的路径，运行完后，你会得到一个dump.crack文件，当然了还有个log文件，可以到crack文件夹下check下） 跑完后，当然想用可视化看看结果了，要是你没有安装vmd，可以先安装下lammps自带的xmovie，虽然功能有限，但是还是可以作参考。安装和运行步骤如下：1.cd lmp/tools/xmovie2.make (可以到tools的xmovie文件夹下看看是否生产了xmovie可执行文件)3.cd lmp/examples/crack4.../../tools/xmovie/xmovie –scale dump.crack（调用方式和lmp_serial很像）5.可以通过修改原子颜色，通过color tap，改完后重新播放下，这个很想一般的播放器的操作C.附加package的安装(这里主要讲的是poems和meam的安装) 首先介绍几个会用到的命令： make yes-packagename(这里packagename可以是lammps提供的也可以是你自己编的) make no-packagename 同时 这2个命令可以编译或者卸除对应的package。（每次安装新的package，都要重新编译serial,也就是在src目录下再次输入make serial就可以了） 在src目录下，输入make package-status，可以查看当前package的安装情况，如果你尚未做任何安装的话，可以看到只有3个package的前面是写着yes的。 Lammps中有几个package是要特殊处理的，不能简单安装完成，这几个特殊的package分别是gpu, poems,meam,reax,user-atc。 很多人安装完lammps后就make yes-all,然后make serial，这样就肯定不能通过编译，原因就是上面几个特殊的package，我的建议是先make yes-all,然后将特殊的package全部make no，再make serial。这样你就可以把那些可以一次安装好的package都打上了。 下面介绍下meam和poems的安装，两者很相似。在安装之前，要先建立poems和meam的库文件。步骤如下：1.cd lmp/lib/meam2.make –f Makefile.gfortran (检查下meam文件夹下是否生成了libmeam.a)3.cd ../poems4.make –f Makefile.g++ （检查下poems下是否生成了libpoems.a） 编译好库后，就是要修改Makefile.serial了，这是最重要的，一直以来我都是按照别人说的改，但总是没成功，后来就自己看Makefile.serial文件，自己修改，后来编译成功了，个人觉得对Makefile.serial有个了解是很必要的，所以下面我先对这个文件的注释简单翻译下，希望有所帮助。 # serial = RedHat Linux box, g++, no MPI, no FFTs SHELL = /bin/sh # ---------------------------------------------------------------------（以下一部分我定义为第二部分） # compiler/linker settings（编译器和链接 设置）#