化学信息学（ 第二版） 教学课件 作者 陈明旦谭凯 编著 Ch8.pdfVIP

第八章 化学结构的可视化 第八章 化学结构的可视化 化学结构的表示 化学结构的表示 •命名法 •线型编码法 •二维结构 •三维结构 •表面结构 苯基丙氨酸的各种化学表示 苯基丙氨酸的各种化学表示 • 命名法：Systematic name：phenylalanine； Formula: C H NO ; C H CH CH(NH )CO H ; 9 11 2 6 5 2 2 2 IUPAC: 2-amino-3-phenylpropanoic acid • 线型编码法:ROSDAL:1O-2=3O,2-4-5N,4-6-7=-12- 7；SMILES:NC(Cc1ccccc1)C(O)=O • 二维结构 • 三维结构 • 表面结构 苯基丙氨酸的二、三维结构表示 苯基丙氨酸的二、三维结构表示 苯基丙氨酸的表面化学结构表示 苯基丙氨酸的表面化学结构表示 苯基丙氨酸溶剂可及表面网格图 苯基丙氨酸溶剂可及表面网格图 苯基丙氨酸溶剂可及表面立体图 苯基丙氨酸溶剂可及表面立体图 苯基丙氨酸的范德华表面立体图 苯基丙氨酸的范德华表面立体图 苯基丙氨酸二维化学结构表示 苯基丙氨酸二维化学结构表示 苯基丙氨酸成键连接表 苯基丙氨酸成键连接表 C1 C2 C3 C4 C5 C6 C7 C8 C9 O10 O11 N12 C1 0 1 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 C2 1 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C3 0 2 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 C4 0 0 1 0 2 0 0 0 0 0 0 0 C5 0 0 0 2 0 1 1 0 0 0 0 0 C6 2 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 C7 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 C8 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 1 C9 0 0 0 0 0 0 0 1 0 2 1 0 O10 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 O11 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 N12 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 苯基丙氨酸原子直角坐标表 苯基丙氨酸原子直角坐标表 X Y Z C1 -3.7325 0.0038 0.0000 C2 -3.7325 -1.4362 0.0000 C3 -2.4855