云计算在生物技术领域的应用.pdfVIP

第42卷第17期 数学的实践与认识 V01．42．No．17 IN AND 2012年9月 MATHEMATICSPRACTICETHEORy Sep．，2012 云计算在生物技术领域的应用 郝彤，，一，马红武，，一，赵学明，，。 (1．天津大学化工学院，天津300072) (2．天津大学一爱丁堡大学系统生物学与合成生物学联合研究中心，天津300072) 摘要：随着基因组测序等生物学技术的发展，海量生物学数据不断产生，生物计 算对计算能力和存储量的要求也越来越高．云计算所具有的高速的计算能力、高存 储量以及使用方便等特点能够很好地满足生物研究的需求，融合云计算成为生物计 算发展的趋势．总结了可用于生物技术领域的云平台以及云计算在生物学研究中的 应用，并指出了云计算在生物技术领域的发展前景及面临的挑战． 关键词： 云计算；生物技术；生物计算 1引言 生物技术的发展使得海量生物学数据不断产生，基因测序微生物的数量以每年上百个的 数量增长，相对应地，蛋白组学，代谢物组学等新数据也在不断产生．在大规模数据的基础上， 传统的针对单个基因、蛋白或代谢反应的生物学方法正在发生改变，研究者们试图从对海量 数据的分析中得到传统生物学方法无法得到或者难于得到的信息．随着数据量的增大，生物 计算对于运算速度、数据存储、计算成本等方面的要求也越来越高．而云计算的出现，能够很 好地满足生物研究的需求，云计算通过将计算任务分布在由大量计算机组成的资源池上，使 各种应用系统能够根据需要获取计算能力、存储空间和各种软件服务，这种全新的互联网应 用模式，称为解决高速处理、海量存储、资源扩展等问题的有效途径，与传统方法相比，云计 算除了具有超级运算速度以及几乎无限量的存储空间外，更加具有低计算成本及使用方便等 优势[1】j因而，自云计算概念诞生以来，得到了人们的高度关注，各种新概念、新技术和新产 品也应运而生，在生物应用领域，融合云计算成为生物计算发展的重要趋势．本文首先简要分 析了云计算的系统架构，在此基础上综述近几年来云计算系统的发展及其在生物技术领域的 拓展，总结运用云计算进行的生物学研究，并指出了云计算在生物计算领域的发展前景及面 临的挑战． 2云计算系统功能架构 Computing”中将云计算定义为：“云计算一词用来同时描述一个系统平台或者一种类型的应 收稿日期：2012．03—14 万方数据 118 数学的实践与认识 42卷 或者虚拟的服务器．高级的计算云通常包含一些其他的计算资源，例如存储区域网络(SANs)， 网络设备，防火墙以及其他安全设备等．云计算在描述应用方面，它描述了一种可以通过互联 网Internet进行访问的可扩展的应用程序．‘云应用’使用大规模的数据中心以及功能强劲的 服务器来运行网络应用程序与网络服务．任何一个用户可以通过合适的互联网接入设备以及 一个标准的浏览器就能够访问一个云计算应用程序．” 上述定义给出了云计算两个方面的含义：一方面描述了基础设施，用来构造应用程序，其 地位相当于PC机上的操作系统；另一方面描述了建立在这种基础设施之上的云计算应用．【引． 而云计算是一个具有更广泛含义的计算平台，是IT领域几项重要理念与技术——分布式处 理(DistributedComputing)、并行处理(ParallelComputing)和网格计算(Grid 的发展和融合的产物．云计算是能够提供动态资源池、虚拟化和高可用性的新一代计算平台． 现有云计算系统功能架构如图1所示，数据信息采集层是整个系统的第一层，通过对大 规模数据及个体数据信息的收集进行有针对性的数据采集；并发数据系统平台层位于整体 系统的第二层，是系统主要的硬件构成部分和系统功能的支撑平台，主要包括高性能信息处 理集群和网络存储系统．此层次为系统各层提供了各种关键的运行环境条件合透明的访问途 径；特定群体任务层是整个系统的第三层，也是信息处理的核心层，该层负责将前两层采集、 存储和传输至第三层的多模态信号对特定的事件进行建模，并将判决结果提供给智能终端交 互层，从而满足特殊人群多样化的实际需求；智能