金银花药材的高效液相色谱指纹图谱的研究.pdfVIP

维搜索。刚性结构搜索比较容易实现，可以较快得到较少的命中结构，节省数据库搜索和分析结果所用的时 间。但是，由于大多数化合物不完全是刚性的，包含可旋转单键，会以各种能量差别不大的构象存在，与受体 分子发生作用的也不一定是优势构象，因此刚性搜索可能会丢失某些柔性分子信息。柔性搜索则可以避免 这一缺陷。柔性构象搜索方法主要有三类：①利用分子存储多个构象的数据库进行搜索。这种方法需要占 用较多的存储空间，因而适用于刚性分子较多的小型数据库中。②应用柔性提问结构。这种方法的限制是 不适用于所有的提问结构。③在查找过程中进行构象搜索。这是目前大部分的三维柔性搜索系统采用的方 法。在通过Monte Carlo法和遗传算法两种柔性构象检索方法的比较研究中，发现MonteCarlo法更适用于 柔性构象搜索。 三维相似性搜索是三维结构搜索研究中出现不久的方法，在搜索中试图确定予以指定化合物相似的分 子，其搜索结果是得到一系列按照与提问结构相似性递减顺序排列的结构。对大分子数据库进行搜索，可发 现蛋白质之间的同源性，进而根据已知结构的蛋白质进行同源蛋白模建。同时，三维大分子(主要为蛋白质) 结构搜索也可以搜索蛋白质数据库以得到其序列同源性。 2．3其它应用 三维构象搜索的结果用于新型先导化合物的发现，促进新药的开发；寻找已知具有药