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引物设计的原则 12、在DNA测序和PCR中最好用5′末端稳定(如GC含量较多)，而3′末端不太稳定(如AT含量较多)的引物 Primer Premier 5.0 简介 主要功能: 1、即引物设计 2、限制性内切酶位点分析 3、DNA 基元(motif)查找 4、同源性分析 Primer Premier 5.0使用介绍 Preimer Premier 启动界面 Load sequence 基本信息 Sequence name Original sequence Use these two button to translate the DNA seq to a protein seq or a protein seq to a DAN seq 8种密码子偏好 Choose a function 引物设计界面 First you can design the primer manually Sense strand or anti-sense strand Useful information of the primer 引物搜索选项设定 引物类型 搜索模式 5’引物位置范围 3’引物位置范围 产物大小范围 引物长度 搜索结果 28对引物 引物分值 100分为满分 每对引物的信息 双击选中一对引物 引物信息 回到主窗口 引物及产物信息 是否出现hairpin,dimer,false priming and cross dimer 一对理想的引物应当不存在任何一种上述结构，因此最好的情况是最下面的分析栏没有 But … 引物编辑 引物编辑 Edit primer here Analysis the edit result Accept the edit result Return to the main window 任务 用绿色荧光蛋白(GFP)标记蛋白NR1 举例说明 SP BamHI pcDNA3.1 NR1 Plasmid 1: Plasmid 2 GFP SP BamHI(GGATCC) pcDNA3.1 NR1-1a GFP 121 ggggctccta gagaacccgg gggcgcttga ccgcgcgcgg gcggcccgcg ggtcgtacat 181 cgcgaggtcg tcgcactcgc gcaacccaga gccaggcccg ctgtgcccgg agctcatgag 241 caccatgcac ctgctgacat tcgccctgct tttttcctgc tccttcgcc c gcgcggatcc 301 cgaccccaag atcgtcaaca tcggcgcggt gctgagcacg cgcaagcatg aacagatgtt 361 ccgcgaggca gtaaaccagg ccaataagcg acacggctct tggaagatac agctcaacgc 421 cacttctgtc acccacaagc ccaacgccat acagatggcc ctgtcagtgt gtgaggacct 481 catctctagc caggtctacg ctatcctagt tagccacccg cctactccca acgaccactt 541 cactcccacc cctgtctcct acacagctgg cttctacaga atccctgtcc tgggactgac 601 tacccgaatg tccatctact ctgacaagag tatccacctg agtttccttc gcacggtgcc 661 gccctactcc caccagtcca gcgtctggtt tgagatgatg cgagtctaca actggaacca 721 catcatcctg ctggtcagcg acgaccacga gggacgggca gcgcagaagc gcttggagac 781 gttgctggag gaacgggagt ccaaggcaga gaaggtgctg cagtttgacc caggaaccaa NR1的编码序列(~4000bp) 红色为信号肽, 蓝色为BamHI酶切位点, 下划线标出酶切位点的阅读框 ATGGTGAGCAAG GGCGAGGAGC TGTTCACCGG GGTGGTGCCC ATCCTGGTCG AGCTGGACGG CGACGTAAAC GGCCACAAGT TCAGCGTGTC CGGCGAGGGC GAGGGCGATG CCAC