猪Six1基因的克隆、序列特征与组织表达分析.pdfVIP

~Anmnal(Jenet~cs.2~UUt~ dgypsy-typeLTR-r ~.2003(13):1518~i 猪Six1基因的克隆、序列特征及组织表达分析 吴望军 熊远著 农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室农业部猪遗传育种 重点开放实验室华中农业大学动物科技学院 湖北武汉430070 摘要 本研究旨在分离猪Six1基因，对其进行相关的生物信息学分析，并检测其在不 同组织的表达情况。利用RT-PCR及RACE技术分离克隆了Six1基因全长，并利用生物信 息学软件与网站对其结构与功能进行了分析；利用半定量RT-PCR系统研究了Six1基因在4 月龄梅山猪20个组织中的表达。本研究成功克隆了猪Six1基因全长4248bp，其中eDNA全 长2201bp，包括296bp的5’非翻译区，1050bp的3’非翻译区，以及855bp的开放阅读 框，编码284个氨基酸。氨基酸序列比对结果表明，猪与狗的相似性最高，达到99.6％，与 非洲爪蛙的最低为93.7％。组织表达谱显示，Six1基因在肌肉中的表达最高，在心、肝、脾、 胃中不表达，而在其他组织中均有不同程度的少量表达。本研究为进一步研究猪Six1基因的 功能奠定了基础。 关键词 猪;Six1基因;克隆;表达谱 Cloning,SequenceCharacteristicsandTissueExpression AnalysisofPorcineSix1Gene Wu-wangjunXiong-yuanzhu KeyLaboratoryofSwineGeneticsandBreeding,MinistryofAgriculture, KeyLabofAgricultureAnimalGenetics,BreedingandReproduction,MinistryofEducation, CollegeofAnimalScience,HuazhongAgriculturalUniversity,Wuhan,Hubei,4300700 Abstract:TheobjectiveofthestudyistoisolatetheSix1gene,analyzethesequence characteristicsbybioinformatiesmethod,anddetecttheexpresstionindifferenttissuesinpor cine.Inthisstudy,SixlgenefulllengthwasisolatedandclonedbyRT-PCRandRACEtech nology,bioinformationanalysiswereperformedbybioinformaticssoftwaresandwebsites; Tissuedistributionwasstudiedbysemi-quantitativeRT-PCRintwentytissuesoffour- monthMeishanpig.4248bpfulllengthofSixlgenewassuccessfullycloned.cDNAfulllength is2201bp,containg296bp5untranslatedregion,1050bp3untranslatedregionand855bp openreadingframe(ORF)encoding284aminoacidresidues.Theresultofmultipleaminoacid sequencesalignmentindicatedthatpighavethehighesthomologywithCanisfamiliaris99.6％, lowesthomologywithXenopuslaevis93.7％.TissueexpressionprofilerevealedSixlgenewas highestlyexpressedinmuscle,notexpressedinheat,liver,spleenandstomach,andex pressedalittleinothert