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高性能计算介绍 什么是高性能计算?(HPC) 1.高速运算 2.大内存 3.海量存储 常见的高性能计算的实现 1. 多CPU共享内存结构（SGI Altix 3000) 2. 集群(cluster)结构(联想计算集群） 操作系统 Unix, Linux, Windows 并行开发软件 MPI, OpenMP SGI Altix 3700体系结构 二 体系结构： NUMAflex全局共享内存的结构 所有内存统一编址, 全局共享 本地与远端内存的存取速度不同 优点： 均衡的、可扩充的性能 低延迟的内存访问 适于HPC的优化的操作环境 容易配置 操作系统 系统软件：64位Linux Advanced Server + SGI HPC ProPack 编译器：Intel C, C++, Fortran , Math Kernel Library MPI 并行 OpenMP 并行 并行计算 SGI HPC 并行开发软件包： SGI? MPT? (Message Passing Toolkit) 优化的MPI 和SHMEM 并行编程库 MPT 在多个分区系统的性能和在SSI上一样， 在跨节点时无性能损失 SGI? NUMA工具集: 包含指定cpu、内存的管理工具： cpuset, memset, dplace SGI? 集群软件(Array Services) 定义和管理集群的配置, 管理运行在集群上的作业集 SGI? Performance Co-Pilot : 图形化的性能监测工具 SGI? FFIO : 对特定I/O 传输的控制 SGI? 科学函数库SCSL 用户使用初步 一: 用户登录： 在windows操作系统下： 1. 安装xmanager等软件模拟xwindows图形化界面 2. 利用ssh-client软件远程登录 在Linux系统下直接使用ssh 命令登录 二：上传下载文件： 在windows操作系统下： 利用ssh-client软件的sftp功能 在Linux系统下直接使用sftp 命令 Linux 基本命令： whoami \ lists your login name ls \ lists filenames in working directory ls -l \ same list with additional information ls -l |more \ if list too long; page down with space bar cp file1 file2 \ copies file1 to file2 (NB: exists already?) mv file3 file4 \ file3 is renamed file4 rm file1 \ discards file1. Clean up from time to time. mkdir dir1 \ creates new directory with name dir1 mv file2 dir1/file2 \ moves file2 to directory dir1 mv file2 dir1/ \ does precisely the same cd dir1 \ change working directory to dir1 cd .. \ go back (one branch down the tree) rmdir