生物信息学-华南农业大学生科院.pdfVIP

第一章 概述 生物信息学的诞生背景 基因组测序数据爆炸性增长，存储、检索和管理海量生物数据的 需要，大大促进了管理和分析生物数据的知识和技巧的发展，生 物信息学由此诞生。 核心是基因组信息学 1998 1997 酵母12.7 Mb 线虫 9700 Kb 1995 流感嗜血杆菌 1830 Kb 2000 果蝇137 Mb 2002 水稻~430 Mb 2001 人~3 Gb ●上世纪60年代蛋白质序列和三维结构测定成功，Dayhoff等建立 第一个分子生物学数据库Atlas of protein sequence and structure。 ●70年代末核酸测序成功，以Sanger为首开始病毒全基因组测序。 ●第一个分子生物学的Web服务器是1984年初瑞士日内瓦大学医学 生物化学系开发的ExPASy 。各种生物数据库相继出台服务。 ●1990年HGP启动。 ●1990年召开第一届国际生物信息学会议。 ●1991年林华安首创的Bioinformatics正式使用。 1990年, 15年, ＄30亿, 30亿bp, 24条chr.，四项任务 （遗传图谱、物理图谱、测序、注释），中科院遗 传所人类基因组中心 （1%，chr.3短臂3000万bp）。 林华安 （Dr.Hwa A.Lim），马来西亚籍华人后裔， 从事信息与人类基因图谱跨领域整合的研究，1987年首 创Bioinformatics一词，身兼美国生物信息技术专业顾 问服务公司D’Trends 、生物信息公司Genego ，以及抗 体测试新药筛选公司AbMetrix三家公司董事长。 1990年，年仅35岁，邀齐当时美、苏、法、日等各 国国家基因组实验室的主任，发起世界第一届国际 Bioinformatics学术会议。 自此开启世界各国政府预算支持及Bioinformatics 研究风潮，因此被尊崇为 “世界生物信息之父”。中国 科学院基因研究所、北京大学也邀请林华安担任客座教 授，启动北大成为中国今天的Bioinformatics大本营。 什么是生物信息学 ？ 研究生物信息的采集、处理、存储、传播、分析 和解释等各个方面，它通过综合生物学、信息学及计 算机科学来揭示大量而复杂的生物数据所赋有的生物 学奥秘。 转化的知识水平 计算机水平 数据量 生物信息学的任务和内容 ☆ 开发软件和工具，建立数据库，管理海量生物数据。 ☆ 研究算法和分析技术 ☆ 基因注释 （序列比对、基因预测、启动子预测、信 号肽预测、表达分析、结构预测、进化分析、功能注 释、分子设计等） 为何要学生物信息学 研究基因功能有三条途径 1. 通过基因相似性推测基因的功能 （生物信息学） 王晓东院士 2. 通过抑制或过表达基因看对细胞 或生物体的影响 3. 相互作用的研究 生命科学科研思维方式正从传统的 “实验→理论”转 变为现代的 “提出理论→实验验证”。 组学研究导致大量数据出现，已经根本不可能用实验 方法