第12讲包系统.pptVIP

第十二讲 Bioconductor一系列的包系统，用来处理生物方面的数据 1、Bioconductor是一个开源和开放式软件开发项目。 2、该项目起始于2001年秋季，核心成员是哈佛医学院/哈佛公共卫生学院的Dana Farber癌症研究所生物统计组。 3、Bioconductor软件包 DNA微阵列数据的处理、分析、注释及可视化； 通用分析工具（被广泛用于基因组数据库的分析，如分析基因组序列、SNP数据、SAGE数据、蛋白质组数据等。） 安装Bioconductor软件包 1、安装标准的bioconductor软件包 source(“/biocLite.R”) biocLite() 2、安装特定的xxxx包 source(“/bioLite.R”)连到包的数据库中 biocLite(“xxxx”) #biocLite(“affy”)微阵列预处理 3、菜单栏-程序包 设定CRAN镜像 选择软件库 安装程序包 4、从本地zip文件安装程序包 (/help/bioc-views/release/bioc/) 1、高密度寡核苷酸阵列 每个微阵列产生一个探针水平数据集，一些探针检测特异的全匹配寡核苷酸(PM)，另一些检测非特异的失匹配寡核苷酸(MM)。 2、cDNA微阵列 每个微阵列产生两个探针水平数