Calpain割修饰和蛋白质磷酸化绑定的生物信息学分析.pdf

摘要 摘 要 蛋白质翻译后修饰通过改变蛋白质的生化特性在许多细胞生理过程中发挥着举 足轻重的作用。然而现有的实验技术水平有限以及相关数据不足导致仅有很少的几 种翻译后修饰得到较为系统的研究分析。传统的实验方法，如定点突变，质谱分析， 肽段文库等常常需要耗费大量的时间和精力，从而严重制约了相关研究的进展。近 年来，计算预测的方法在数据的前期分析以及靶位限制方面做出了巨大贡献，为进 一步的实验验证提供了有效地指导和帮助。 在过去的三年里，我的主要研究工作是 Calpain 介导的切割修饰以及 PBD 依赖 性的磷酸化绑定的生物信息学分析。大量的研究证实，这两种蛋白质翻译后修饰在 许多细胞生理过程中发挥着重要作用，如基因表达调控，信号转导以及细胞有丝分 裂进程等。临床分析表明修饰异常往往和疾病密切相关。因此，为识别具体的修饰 位点进而深入探索其分子机理，我们相继开发了针对 calpain 切割位点预测的 GPS-CCD 1.0 和 Plk 磷酸化绑定以及磷酸化位点预测的 GPS-Polo 1.0 软件。并且， 我们用 GPS-CCD 1.0 对一系列切割位点不明的 calpain 底物做了详细的注释。另外， 我们利用 GPS-Polo 1.0 全面分析了真核细胞中磷酸化蛋白质组数据，并对 Plks 介导 的磷酸化绑定以及磷酸化位点做了进一步注释。基于蛋白质序列分析及体内体外的 生化与细胞实验有力地证明了Plk1 和Mis18B 存在相互作用，而磷酸化的 T14 和 S48 是 PBD 结构域绑定的位点，并且这种磷酸化绑定的结合方式促进了 Mis18B 的稳定 性。不仅如此，我们还系统地对潜在的 Plks 磷酸化绑定蛋白以及磷酸化底物做了更 深一步的注释 GO (Gene Ontology) 。分析发现，相对于磷酸化底物而言，Plks 磷酸 化绑定蛋白在细胞有丝分裂中分布更为显著。综上所述，我们对两种翻译后修饰所 做的系统性分析为实验学家提供了非常可靠的数据资源。我们有理由相信，把我们 的工作与实验验证有机的结合会将这两种翻译后修饰的研究带入一个新的发展阶 段。 关键词：蛋白质翻译后修饰，calpain ，calpain 切割位点，磷酸化绑定，磷酸化， Polo-like kinases ，Polo-box domain (PBD) V ABSTRACT ABSTRACT Post-translational modifications orchestrate the biochemical nature of most eukaryote proteins and play significant roles in many biological processes. Although many types of PTMs have been discovered, only a few of them have been well-characterized due to the lack of sufficient data for analysis. However, traditional experimental strategies, such as site-directed mutagenesis, mass spectrometry, peptide library，are labor-intensive and time-consuming. Computational prediction provides an effective approach to conduct preliminary analyses and greatly r