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17 表观遗传学_染色质结构的分子水平研究201410.ppt
* 每次拉动1bp * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 染色质结构变化是表观遗传调控的核心 Epigenetics chromatin Transcription Histone variants Chromatin remodeling Non-coding RNA DNA methylation Histone modifications Chromatin transactors Roeder, 2010 干细胞编程与重编程中的表观遗传调控网络 染色质成分及反式作用因子 组蛋白变体:H2A.Z,H3.3,macroH2A 组蛋白修饰:Ac,Me,Ub 染色质多梳蛋白复合物 (PRC1 and PRC2),MBT,HP1, Lamin A/C 染色质调节因子 组蛋白分子伴侣: NAP1, FACT, NASP 染色质重塑因子: SWI/SNF, RSF, ACF DNA修饰: 5mC or 5hmC reprogramming differentiation ES Cell Section 4 Approaches DNA所处的环境:核小体 如何检测open chromatin ? Isolation of nuclei (108 cells) DNaseI treatment Embedded DNA into agarose plug Determined distribution of DNA using PFGE Choose a few DNaseI concentrations according to distribution In vivo Enriched for fragments from HS on a streptavidin column Identify Open chromatin:DNaseI hypersensitivity assay In vitro Ligated biotinylated linkers to DNA fragments sonicated to shear DNA Crawford G et al. Nature Methods, 2006 Crawford G et al. Cold Spring Harb Protoc 2010 Added second linker, amplified, labeled and hybridized to tiling microarray 研究方法 研究方法:Chromatin conformatio capture Hagege et al. Nature protocols, 2008 研究方法:ChIP (Chromatin Immunoprecipitation) for protein binding Section 5 Applications High-resolution mapping and characterization of open chromatin across the genome. Cell, 2008. 132(2): 311-22. Open chromatin in pluripotency and reprogramming. Nat Rev Mol Cell Biol 12, 36-47 (2011). Chd1 regulates open chromatin and pluripotency of embryonic stem cells. Nature 460, 863-868 (2009). A map of open chromatin in human pancreatic islets. Nat Genet 42,3,255-259(2010). Epigenetic instability of cytokine and transcription factor gene loci underlies plasticity of the T helper 17 cell lineage. Immunity 32, 616–627 (2010). 基因组注释 重编程 胚胎干细胞 胰岛细胞 Th17细胞发育 * Application in monogenic disease Facioscapulohumeral muscular dystrophy (FSHD) One of the strangest known autosomal dominant diseases.
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