《Materials Studio软件培训资料》.pdf

Materials Studio 教程 培训资料 创腾科技有限公司 MS 产品技术部 Copyright ©2012, Neotrident Technology Ltd. All rights reserved Materials Studio 培训资料，2012 年 1 月 1. Materials Visualizer 的使用 1.1 管理 Project 当你在进行各种分子模拟工作的时候，Materials Studio 软件会生成具有不同文件名以及不 同后缀的文档。为使这些文档的管理工作变得更简单，Materials Visualizer 有一个叫做 Project Explorer 的文件管理器，它与一些高级程序语言包如VC++ 的文档管理系统相似，你可以藉由 这个管理器生成自己的文件夹和文档，并订制文档组织以帮助你纪录所做的工作。 1.1.1 Project 的细目分类 本节以一个 Project 为例，只用于示范目的，不牵涉到任何要完成的工作。在这个例子中， 一个 m-二甲苯已经被导入并进行了最小化，然后执行了动力学运算并对其进行了分析。现在 对其进行细分来反映每一步在 Project 管理中的变化。 a) 输入 m-二甲苯 b) 结构优化后，一个 m-xylene Forcite Geomopt 文件夹出现。最小化后的结构被放到了 此文件夹下( 以蓝色高亮显示) 。m-xylene.txt 文档包含了 Forcite plus 计算中的信息 c) 执行完动力学计算后，数据被放置到 m-xylene Forcite Dynamics 文件夹下，m-xylene.xtd 是轨迹文档，包含了动力学模拟情况。 1 Materials Studio 培训资料，2012 年 1 月 这是一个标准计算的布局图。每一个新的计算都基于前一个计算的结果，新的子文件夹将 加入到文件树中。这就允许你按照文件树来查询试验路径。 1.1.2 使用自动保存 MS Modeling 中有自动保存功能，会在指定的时间间隔内将文档的变化自动保存到硬盘上。 如果你需要在一定时间内自动保存文件，那么请确定该选项被打开，如果必须的话，请设定两 次更新之间的时间间隔。 从 Tools 菜单中选择 Options... 。在General 栏中，确保 Enable AutoSave 被选中，且时间间 隔为 10 分钟。 如果 MS Modeling 被意外关闭，例如断电或者计算机重起，而在此之间你有一次机会保存 工作，那么在重起之后就会有机会恢复当前 Project 最后一次自动保存时的文档。 注意：恢复的选项只有一次，如果拒绝恢复自动保存文件，那么这些硬盘上的信息就会被删除。 此外，你可以通过在 Folder Locations 栏中指定位置来手动恢复自动保存的文档。在 Options 中 选择 Folder Locations 。检查AutoSave 文件夹的默认位置。 1.1.3 输入模型 下一步是输入一个模型，以查看它会出现在 Project Explorer 的哪一个层次上。 输入文件后，会出现扩展名为.xsd 的文件，其位置在Project Explorer 中junior 图标下的第 一层。如果你没有看到扩展名，那么请在 Windows 文件浏览器的文件夹选项部分取消“隐藏文 件扩展名”一项前的勾。 2 Materials Studio 培训资料，2012 年 1 月 1.1.4 产生表格文档 生成一些文档进行处理。这可以通过运行粉末图案计算来快速完成。在这里不需要进行分 析，因为我们的目的只是为了查看文档操纵。粉末衍射通过 Reflex 模块来实现。可以通过 Modules 菜单或者 Modules 工具栏访问该模块。 从 Mod