面向结构网格自适应并行计算的矩形区域求差集快速算法.pdfVIP

技术报告 IAPCM-SCNS-HPC201505 面向结构网格自适应并行计算的矩形区 域求差集快速算法 刘旭 · 徐小文 · 张爱清 2015/10/7 北京应用物理与计算数学研究所 中物院高性能数值模拟软件中心 技术报告 声明 本技术报告引用方式： “刘旭，徐小文，张爱清，面向结构网格自适应并行计算的矩形区域求差集快速算法，中物院 高性能数值模拟软件中心技术报告，No. IAPCM-SCNS-HPC201505，2015 年10 月.” 在正式发表之前，本报告内容可能修改。 技术报告 面向结构网格自适应并行计算的矩形区域求差集快速算法1 2 刘 旭 , 徐小文，张爱清 北京应用物理与计算数学研究所，北京 100094 摘要 结构网格自适应程序需要使用矩形区域求差集算法计算网格层间数据依赖关系和网格 层嵌套关系。原有的矩形区域求差集算法时间复杂度较高，成为该类应用大规模并行计算可 扩展性能瓶颈。本文利用分而治之的方法，构造了近似线性时间复杂度的矩形区域求差集快 速算法，并利用区域分解实现了该算法的并行计算。分别针对规则矩形区域和多层自适应网 格的非规则矩形区域求差集问题，验证了该算法的效率，结果表明，该算法具有近似线性计 算复杂度，对于大规模计算问题，加速效果显著。 关键词 并行计算； 结构网格自适应； 矩形区域求差集； 线性计算复杂度 1 引言 与均匀一致加密结构网格相比，结构网格自适应加密（SAMR）技术能够在不损失求解精 度的前提下，大幅降低网格规模和计算量，广泛应用于辐射流体力学[1-3]、天体物理[4-5]等 很多实际问题的数值模拟中。与此同时，基于SAMR 自适应计算的应用软件支撑框架也得到 快速发展，例如，JASMIN [6-7]、BoxLib[8] 、Cactus[9]、Chombo[10]、Enzo[11] 、FLASH[12] 、 SAMRAI[13]、Uintah[14]等。这些基于 SAMR 自适应计算的应用软件支撑框架大大降低了 SAMR 程序的编程难度，为推广SAMR 技术做出了重要的贡献。 SAMR 网格由多个不同分辨率的网格层嵌套而成，每个网格层是一个均匀结构网格，其 中最粗网格层覆盖整个计算区域，细网格层基于数值计算误差估计原理以及自适应网格加密 技术，在相邻粗网格的局部区域加密而成，用于刻画物理现象的局部特征。进一步，为了适 应现代计算机复杂的体系结构，SAMR 网格通常采用“区域-块-单元” 的数据结构。在每个网 格层，计算区域被划分为若干块，每块是一个由若干网格单元组成的逻辑矩形区域。图1 给 出了一个包含两个网格层的二维SAMR 网格的例子，其中每个黑框区域对应第1 层网格的一 个网格块。 在数值模拟过程中，物理现象的局部特征可能随时间的发展而移动，细网格层将被动态 1 本文获国家自然科学基金 、国家973 计划项目课题(2011CB309702)、国家863 计划项目课题 （2012AA01A309 ）资助 2 刘旭：liu_xu@. 1 技术报告 地删除和创建。例如，在图1 所示的SAMR 加密模拟中，随着模拟的发展，细网格层（绿网 格层）覆盖的计算区域发生了变化。当覆盖区域发生变化时，新网格层的数据由三种途径得 到，按照优先顺序，依次为：由物理边界条件计算得到；由旧的相同分辨率网格层复制得到； 由相邻粗网格插值得到。为