大菱鲆红体病虹病毒基因组全序列测定和分析及其在海水养殖鱼类中无症状感染的pcr分析.pdfVIP

大菱鲆红体病虹彩病毒基因组全序列测定和分析及其在 海水养殖鱼类中无症状感染的PCR分析 捅 斐 虹彩病毒(iridovims)是一类感染变温脊椎动物和无脊椎动物的二十面体状、大 型细胞质DNA病毒，是水产养殖动物和野牛动物重要的病毒性病原。大菱鲆红体病 reddish 虹彩病毒(turbot body 菱鲆的鱼类虹彩病毒，是工厂化养殖大菱鲆最主要的病毒性病原之一。本文应用PCR 扩增、DNA克隆、大规模测序与生物信息学等方法，测定并分析了TRBIV的全基因 10，104 组序列。结果显示，TRBIV基因组为双链线状DNA，全长为1 bp，G+C含量 为54．99％。全基因组中含有1 readingframe，ORF)，编码 15个可能的开放阅读框(open and necrosis 染性脾肾坏死病毒(Infectiousspleenkidney virus，ISKNV)、条石鲷虹彩病 bream 毒(rock grouper 87．99％，75．99％。这些蛋白大致可以分为以下几类：DNA复制相关，转录和核酸代 谢相关，蛋白修饰相关，宿主相关，膜相关等等。TRBIV基因组中散布着许多重复 序列，包括正向重复序列、反向重复序列和回文序列，其中绝大部分为正向重复， seabream 并与ISKNV、真鲷虹彩病毒(red 相似。采用TRBIV的主要结构和功能蛋白如主要衣壳蛋白(majorcapsidprotein, MCP)、腺苷三磷酸酶(adenosine chain， reductase，small polymerase，DdDp)、核苷酸还原酶小亚基(ribonucleotide DNA RNRS)，胞嘧啶DNA甲基转移酶(Cytosine．C5．specific 氨基酸序列构建了虹彩病毒系统进化树，在分子水平上研究了TRBIV的系统进化， 结果表明TRBIV属于虹彩病毒科肿大细胞病毒属。TRBIV全基因组序列的测定为诊 断和防治水产动物虹彩病毒病提供分子生物学的基础资料和理论依据，为水产养殖 动物虹彩病毒病的防治开辟途径。 的核苷酸序列进行比对，寻找TRBIV与它们在序列上的差异区，差异区即为肿大细 胞虹彩病毒属内不同株型之间的变异区，即TRBIV最可能的潜在的变异区。选取差 异较大的5处变异区，在变异区的两端设计正反引物对4株不同地方不同年代的 存在任何差异。 研究建立了一种检测TRBIV的套式PCR方法，用该方法对不同稀释倍数的重组 8-TRBIVATPase为模板进行PCR扩增，结果显示所建立的套式PCR的灵 质粒pMDl 敏度大约为一步PCR的104倍。用建立的套式PCR方法对我国常见海水养殖鱼类进行 TRBIV流行病学调查，发现一步PCR检测为阴性的宽体舌鳎，半滑舌鳎，黑裙，非 洲石斑鱼等4种鱼类，经套式PCR扩增出长度为471bp的特异性的DNA片段，将该片 发现与注册号为AY608684．1的TRBIVATPase基因序列的一部分片段有100％的同源 性，说明半滑舌鳎、宽体舌鳎、黑鲳、非洲石斑鱼等四种海水养殖鱼类体内存在TRBIV 的无症状感染，它们可能也是TRBIV的宿主。 关键词：大菱鲆红体病虹彩病毒；基因组；序列分析；变异区：无症状感染 Ⅱ I ete anal i Softurbo