PubMed使用方法要点.ppt

PubMed使用方法 内容纲要 一、PubMed及NCBI相关数据库简介 二、PubMed数据范围三、PubMed主页的结构 四、PubMed检索方法以及检索结果的处理 五、PubMed Central PubMed及相关数据库介绍 NCBI(National Center for Biotechnology Information，美国国立生物技术信息中心) NCBI是目前国际上几个重要分子生物信息网站之一，其成立的原因是为已故的参议院议员Claude Pepper发现计算信息处理方法对生物医学研究的重要性，因此，在1988年11月4日成立NCBI。NCBI是National Institutes of Health（NIH）底下的National Library of Medicine（NLM）的部门之一。由于NLM具有建立与维护生物医学数据库经验，且因它是NIH的单位，因此可执行计算分子生物计划。NIH目前是全世界最大的生物医学研究单位。 NCBI成立的主要任务为： 提供生物医学的分析与计算工具，协助研究人员了解生物的语言--DNA在健康与疾病中所扮演的角色 发展新技术协助了解调控健康与疾病的基本分子与遗传过程， 包括建立储存与分析分子生物、生化与遗传学知识的自动系统；促 进研究与医学社群使用数据库与软件；协调生物技术信息的传递与 管理；执行以计算机为基础的进阶信息分析过程，用以分析生物重要分子的结构与功能。 NCBI的组织架构 NCBI主要分为三个部门，分别为：Computational Biology Branch （CBB）、Information Engineering Branch（IEB）与Information Resources Branch（IRB），各部门分别具有不同的任务。 NCBI的组织架构 Computational Biology Branch（CBB） 处理运算、数学及分子生物、生物与遗传学理论问题的基础与应用研究，包括基因体分析、序列比对、序列搜寻方法、巨分子结构、动力学与交互作用、结构/功能预测等。 建立NIH实验室、政府机构、学术单位与产业界之生物学家、化学家、数学家与计算机科学家间的计算分子生物合作研究计划。 提供研究分子生物分析工具的咨询与建议。 与分子生物社群互动，利用计算与理论方法提高实验研究质量。 NCBI的组织架构 Information Engineering Branch（IEB） 进行数据表现与分析的应用研究，包括在分子生物、遗传学与生物化学的计算机储存、管理与检索系统。 设计各种呈现分子生物信息的数据库架构与规格书，包括核酸、蛋白质与结构信息。 设计与发展分布式软件系统，提供研究人员本机与远程的计算服务。 协调公开序列、遗传、结构、目录信息，建立管理与整合数据库或连结至外部数据库。 建立NIH内部与外部学术单位的信息学合作研究计划。 提供软件与数据库设计咨询与建议。 发展与提倡数据库、数据交换与生物命名的标准。 NCBI的组织架构 Information Resources Branch（IRB） 计划、监督与管理NCBI的计算机技术操作，包含用来研究、发展与存取公开数据库的计算机系统。 提供NCBI人员与外来使用者技术支持。 提供NCBI服务之网络操作指导。 规划使用NCBI资源的教育训练与研讨会。 计划、发展与管理政府合约与合作协议书，已获得支持NCBI信息 功能的设备与服务。 作为基因体计划使用者与服务办事处之联络人。 执行应用研究与发展，提供技术支持与指导，鉴定使用者需求； 管理生物使用社群之问卷调查，以评估NCBI发展的软件使用情形。 协调政府其它办事处与生物信息资源，促进NCBI数据储存的发展。 NCBI的组织架构 NCBI还有一个跨多学科的基础研究群，组成人员包括计算机科学家、分子生物学家、数学家、生化学家与物理学家，共同致力于计算分子生物的基础与应用研究。他们一起研究利用数学与计算机方法解决分子层面的基本生物医学问题，这些问题包含了基因结构侦测与分析、序列分析、立体结构预测、重复序列类型（Pattern）、建立基因体图谱、HIV感染动力学的数学模型、分析序列错误对数据库搜寻的影响、发展数据库搜寻与多重序列比对的新算法、建立无重复的序列数据库、使用数学模型评估序列相似性在统计学上的重要性、建立文章检索的载体（Vector）模型等。除此之外，这些研究人员尚与NIH的研究单位、学术单位的研究实验室与政府机构的研究实验室间维持合作关系，目前仍有多项研究计划正在进行当中。 NCBI资源 NCBI目前提供的生物信息资源主要分为 生物数据库 生物信息工具 NCBI资源 生物数据库 生物数据库是一个永久数据的大的组织体，通常结合计算机软件